Kaum intelektual  Aristotle bertanya-tanya bagaimana tulisan-tulisan yang kita ketahui telah disusun. Organisasi mereka terkadang tampak acak dan gaya mereka tidak banyak berhubungan dengan apa yang dikatakan Cicero.
Sekitar tiga puluh karya Aristotle telah hilang. Para ahli mempertanyakan apakah kehilangan ini mendistorsi pemahaman karya Aristotle atau tidak. Dalam History of Greek Philosophy, Eduard Zeller menjawab dengan negatif: "Semua karya yang dimaksud adalah milik tahun-tahun terakhir kehidupan Aristotle. Jika suatu penemuan yang membahagiakan suatu hari nanti memperkaya pengetahuan kita tentang urutan kronologis tulisan-tulisan ini, tidak ada alasan untuk berharap karya paling awal akan membawa kita kembali ke masa lalu. waktu ketika Aristotle masih mengerjakan sistemnya, sistem itu menampilkan dirinya kepada kita di semua bagiannya sebagai keseluruhan yang lengkap, tetapi tidak di mana pun kita melihat arsitek sedang bekerja.
Perlu dicatat posisi ini berasal dari masa ketika "gambaran Aristotle yang sistematis" masih dominan.
 Pekerjaan didasarkan pada dokumen-dokumen yang disusun oleh Andronicos dari Rhodes menjadi buku-buku selama abad pertama SM. tanpa mengetahui urutan yang dikemukakan oleh Aristotle, atau "bagaimana prosesnya dan bagaimana penulisannya, motif dan kesempatan apa yang menjadi dasar penulisannya".
Korpus yang kita miliki demikian ditulis selama abad keempat tetapi diedit selama abad pertama SM. Bagi Pierre Aubenque, kesenjangan beberapa abad ini, dikombinasikan dengan fakta pemikiran Aristotle telah dilupakan selama periode yang sama, telah menyebabkan jarak yang kuat antara Aristotle dan filsafat yang dikenal dengan namanya. Karena maksud penulis tidak diketahui, para penafsir harus membuat hipotesis yang mengarah pada interpretasi yang berbeda.
Hingga akhir abad ke-19, pemikiran Aristotle dianggap sebagai sistem yang lengkap dan koheren, sehingga para komentator "melengkapi" pemikiran Aristotle bila diperlukan. Menurut Pierre Aubenque, para komentator Yunani mensistematisasikan pemikiran Aristotle berdasarkan Neoplatonisme  dan "komentator skolastik berdasarkan pandangan tertentu tentang Tuhan dalam Alkitab dan hubungannya dengan dunia."
Pada tahun 1923, Werner Jaeger meluncurkan dalam karyanya Aristotle : Foundations for a History of his Evolution suatu metode interpretasi genetik di mana filsafat Aristotle dianggap sebagai sistem konsep yang dinamis dalam perkembangan. Dia membedakan antara tiga fase berturut-turut: periode akademi, tahun perjalanan dan akhirnya tinggal kedua di Athena. Fase pertama adalah dogmatisme Platon nis (karya-karya awal, etika Eudemus, Protrepticus).
Fase kedua adalah lahirnya Platon nisme kritis dan berkembangnya filsafat transisi di mana Aristotle mengoreksi Platon nisme sambil membahas beberapa tema Platonis: identifikasi teologi dan astronomi, prinsip mesin tidak bergerak pertama (ide yang berasal dari hukum Platon) dan gagasan tentang jiwa bintang-bintang. Akhirnya, fase ketiga sesuai dengan kunjungan kedua di Athena dan menandai puncak dari filsafat Aristotelian. Selama fase ketiga ini, Aristotle terlibat dalam penelitian empiris dan menciptakan jenis ilmu baru berdasarkan penyelidikan, deskripsi, dan pengamatan hal-hal tertentu. Jaeger dengan demikian memberikan gambaran yang sistematis tetapi berkembang tentang pemikiran Aristotle.
Pandangan tentang perkembangan pemikiran Aristotle ini diperdebatkan. Ini telah dikritik pertama oleh Ingemar Dring dan kemudian oleh Hans-Georg Gadamer, yang percaya analisis Jaeger didasarkan pada apa yang dilihatnya sebagai kontradiksi. Namun, mungkin saja apa yang dia anggap sebagai kontradiksi hanyalah apa yang dalam pemikiran Aristotle "rumit, bernuansa, di luar kerangka akal sehat sehari-hari". Untuk mengatasi kekurangan ini, Pierre Aubenque lebih suka berasumsi kita tidak yakin Aristotle "membayangkan sistem yang koheren sempurna". Baginya, metafisika Aristotle akan aporetik dan kita tidak harus mencari interpretasi yang sistematis tetapi sebaliknya menafsirkan kesulitan atau aporias sedemikian rupa sehingga kita dapat beralih ke "
Dalam The Life of Philosophers (V, 21-27) Diogenes Laerce menyusun katalog karya Aristotle dengan 157 judul, yang masih digunakan sebagai referensi meskipun banyak tulisannya telah hilang. Itu mungkin berasal dari perpustakaan di Alexandria. Ini sangat mirip dengan Onomatologos dari Hesychios dari Miletus. Katalog terlengkap telah diserahkan kepada kami oleh dua penulis Arab, Ibn-el-Kifti dalam History of the Scholars-nya dan Ibn-Abi-Oseibia dalam History of the Famous Physicians-nya.
Karya-karya tersebut secara tradisional disingkat dengan inisial judul Latin mereka: PN untuk Parva naturalia, GA untuk Generation des animaux. Angka-angka mengacu pada kolom dalam edisi Bekker dari Akademi Berlin (1831): sejarah hewan [HA] dalam ilmu biologi.
