Keberlanjutan juga menjadi faktor penting dalam memastikan efektivitas jangka panjang dari program-program pengembangan masyarakat.Â
Eksistensi program yang tidak menekankan keberlanjutan akan memunculkan ketergantungan dan menurunkan motivasi masyarakat untuk berpatisipasi aktif.Â
Jika program makan siang gratis tidak dirancang dengan prinsip keberlanjutan, maka masyarakat cenderung menjadi terbiasa dengan bantuan tersebut tanpa upaya untuk meningkatkan kondisi mereka sendiri.Â
Mereka selanjutnya hanya mengandalkan makanan gratis tanpa mengembangkan keterampilan atau sumber daya lain yang diperlukan untuk meningkatkan kesejahteraan mereka secara mandiri.Â
Program makan siang ini diragukan lebih lanjut keberlanjutannya mengingat kapasitas produksi bahan-bahan pangan di Indonesia sampai saat ini bahkan belum mampu memenuhi kebutuhan konsumsi.Â
Maka jelas bahwa program makan siang gratis sebagai strategi intervensi untuk mengatasi stunting dapat menimbulkan kenaikan impor yang signifikan.Â
Kenaikan impor bahan pangan yang signifikan akan mengakibatkan pengeluaran yang lebih besar untuk mengimpor bahan-bahan tersebut dari negara lain, yang pada gilirannya dapat mempengaruhi stabilitas ekonomi domestik.Â
Selain itu, ketergantungan yang lebih besar pada impor pangan juga meningkatkan kerentanan terhadap fluktuasi harga dan pasokan di pasar internasional, yang dapat memberikan tekanan tambahan pada anggaran negara serta daya beli masyarakat.
Jika ditelaah pada jumlah anggarannya, apabila program ini dibiayai seutuhnya oleh APBN, akan menjadi beban anggaran terbesar setelah pendidikan dan perlindungan sosial.Â
Program makan siang gratis pada garis besarnya tidak menghasilkan pemasukan kembali(non-refundable), maka  alokasi anggaran sebesar Rp50 triliun-Rp60 triliun dari total kebutuhan pembiayaan sebesar Rp100 triliun-Rp120 triliun tidak akan berputar di masyarakat.Â
Meskipun dana tersebut akan digunakan untuk membiayai operasional dan pelaksanaan program, anggaran tersebut tidak akan mengalir kembali ke masyarakat dalam bentuk pengembalian atau pembayaran.