Pada era otonomi daerah, perubahan zaman menuntut adaptasi manusia agar dapat bertahan dalam lingkungan yang selalu berubah. Salah satu tantangan yang timbul adalah perubahan orientasi masyarakat, yang juga memengaruhi perilaku dan pendekatan dalam mencapai tujuan. Misalnya, persiapan menuju industrialisasi telah mengubah orientasi pendidikan menjadi lebih praktis dan materialistis.
Perubahan ini menyebabkan dualisme dalam pendidikan, di mana pendidikan umum lebih diutamakan dibandingkan pendidikan agama. Akibatnya, pendidikan agama sering dianggap kurang bernilai dan berkualitas rendah. Persepsi terhadap layanan pendidikan agama juga menjadi kurang memadai dibandingkan dengan layanan sekolah umum.
Dengan diterbitkannya UU No. 22 tahun 1999 (yang direvisi menjadi UU No. 32 tahun 2004), otonomi dan desentralisasi di berbagai bidang segera terwujud, termasuk dalam bidang pendidikan yang kemudian dikenal dengan otonomi pendidikan. Dengan otonomi ini, diharapkan setiap daerah, termasuk Madrasah dalam konteks pendidikan, bisa lebih terdorong untuk menyeimbangkan pendidikan umum dan pendidikan agama, serta meningkatkan kualitas layanan pendidikan agama agar setara dengan pendidikan umum.
Otonomi dalam makna sempit berarti "mandiri", sedangkan dalam makna yang lebih luas berarti "berdaya". Otonomi daerah mengacu pada kemandirian suatu daerah dalam membuat dan mengambil keputusan mengenai kepentingan daerahnya sendiri. Jika daerah sudah mencapai kondisi tersebut, maka dapat dikatakan daerah tersebut berdaya untuk bertindak secara mandiri.
Otonomi juga dikenal dengan istilah desentralisasi, yang dalam pendidikan disebut "desentralisasi pendidikan". Desentralisasi pendidikan berarti penyerahan urusan pemerintahan dari pemerintah atau daerah tingkat atas kepada daerah menjadi urusan rumah tangganya sendiri.
Ada beberapa aspek yang perlu diperhatikan dalam pelaksanaan kebijakan pendidikan Islam di era otonomi daerah:
- Penyusunan kebijakan lokal yang mendukung pendidikan Islam.
- Pengembangan kurikulum sesuai dengan kebutuhan lokal.
- Peningkatan kualitas guru melalui pelatihan dan pengembangan profesional.
- Pembangunan infrastruktur pendidikan yang memadai.
- Pemberian bantuan dan insentif kepada siswa dan lembaga pendidikan Islam.
- Pemberdayaan lembaga pendidikan Islam nonformal.
- Monitoring dan evaluasi secara berkala.
Proses pendidikan adalah upaya sadar yang tidak pernah berhenti. Jika pendidikan berhenti, sulit dibayangkan apa yang akan terjadi pada sistem peradaban dan budaya manusia. Oleh karena itu, baik pemerintah maupun masyarakat harus terus berupaya menyediakan pendidikan dengan standar kualitas yang baik untuk memberdayakan manusia.