Pada 9 Juni 2008 pemerintah mengeluarkan Keputusan Bersama (SKB) 3 Menteri tentang Ahmadiyah. SKB ini terdiri dari 7 butir yang secara garis besar memuat tentang pemberian peringatan dan perintah bagi seluruh penganut dan pengurus Jemaat Ahmadiyah Indonesia (JAI) sepanjang menganut agama islam agar menghentikan semua kegiatan yang tidak sesuai dengan penafsiran agama islam pada umumnya dan memberi sanksi kepada penganut atau pengurus JAI yang tidak mengindahkan perhatian tersebut. Selain itu, SKB ini juga memuat tentang pemberian peringatan dan perintah bagi seluruh warga Negara untuk menjaga dan memelihara kehidupan umat beragama dan tidak melakukan tindakan melanggar hukum terhadap penganut JAI dan memberikan sanksi secara hukum apabila ada yang melanggarnya.
SKB yang ditandatangani oleh Menteri Dalam Negeri, Menteri Agama, dan Jaksa Agung tersebut merupakan sebuah keputusan yang berusaha mengakomodasi pihak-pihak yang bertikai tentang Ahmadiyah, namun tidak sejalan dengan semangat demokrasi yang menjunjung tinggi hak dan kebebasan warga dan memberikan perlindungan hukum secara adil bagi warganya. Isi SKB tersebut sangat ambigu sehingga efektivitasnya dalam menyelesaikan persoalan Ahmadiyah dipertanyakan.
Pelanggaran demi pelanggaran terhadap SKB ini terus menerus terjadi tanpa adanya sanksi sesuai hukum, baik dari pihak Ahmadiyah yang diketahui telah menyebarkan ajarannya dengan merekrut anggota baru maupun masyarakat yang telah melakukan tindakan anarkis terhadap jemaat Ahmadiyah. Pelanggaran terbaru adalah terjadinya penyerangan terhadap kelompok Ahmadiyah di Cikeusik, Pandeglang, Banten, pada 6 Februari 2011 dan mengakibatkan tiga anggota jemaat Ahmadiyah tewas, menguatkan anggapan SKB tersebut tidak efektif.
Keputusan yang ambigu dan kurang tegas ini tidak akan mampu membendung konflik dan kecurigaan diantara berbagai pihak yang bertikai tentang Ahmadiyah. Negara harus berdiri diatas konstitusi, dan memegang teguh pasal 29 UUD 45 tentang kebebasan berkeyakinan dan beragama. Negara harus segera menegaskan posisinya sebagai pelindung bagi warga negara dalam menjalankan hak-haknya tersebut. Oleh karena itu pemerintah harus segera meninjau kembali SKB 3 Menteri tersebut agar lebih efektif yang mampu mengayomi hak asasi manusia untuk memperoleh kebebasan beragama dan menjaga kerukunan umat beragama.