Memang ada masalah lain yang menyebabkan terjadinya mismatch, yaitu ketersedian jumlah guru mata pelajaran yang tidak merata untuk masing-masing mata pelajaran. Berdasarkan hasil audit yang dilaksanakan penulis pada tahun 2015, memang masih banyak guru dengan ijazah dari rumpun Pendidikan Agama Islam, sehingga para guru tersebut terpaksa mengajar mata pelajaran lain yang tidak sesuai dengan ijazahnya. Selanjutnya para guru tersebut mengikuti program sertifikasi sesusai dengan mata pelajaran yang diampunya, meskipun tidak sesuai dengan kualifikasi akademiknya.
Pedoman pelaksanaan sertifikasi yang ada, yaitu Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan  Nomor 5 Tahun 2012 tentang Sertifikasi Bagi Guru Dalam Jabatan dan Keputusan Dirjen Pendidikan Islam Nomor 671 Tahun 2015 tentang Petunjuk Teknis Pelaksanaan Sertifikasi Bagi Guru Raudhlatul Athfal dan Madrasah Dalam Jabatan Tahun 2015 hanya mempersyaratkan guru peserta sertifikasi memiliki Kualifikasi Akademik S-1 atau D-IV, tidak menegaskan adanya keharusan untuk mengajar sesuai dengan latar belakang pendidikannya.
Peraturan tentang beban kerja guru yang diterbitkan Kementerian Agama yaitu Keputusan Menteri Agama Nomor 103 Tahun 2015 tentang Pedoman Beban Kerja Guru Madrasah yang Besertifikat Pendidik hanya menetapkan kewajiban guru bersertifikat untuk mengajar mata pelajaran sesuai dengan sertifikat pendidiknya.
Untuk mengatasi masalah tersebut, Menteri Pendidikan Dan Kebudayaan sudah menerbitkan Peraturan Nomor 62 Tahun 2013 tentang Sertifikasi Guru Dalam Jabatan Dalam Rangka Penataan Dan Pemerataan Guru dimana dalam Pasal 2 ayat (1) disebutkan Guru dalam jabatan dapat dipindahkan antar satuan pendidikan, antar jenjang, dan antar jenis pendidikan, antar kabupaten/kota atau antar provinsi. Penyebab pemindahan guru berdasarkan ketentuan ayat (2) yaitu Pemindahan guru sebagaimana dimaksud ayat pada (1) pada bidang tugas yang baru didasarkan pada latar belakang sertifikasi atau kualifikasi akademik yang dimilikinya. Sesuai dengan ayat (3) Guru yang dipindahkan pada bidang tugas yang sesuai dengan latar belakang kualifikasi akademik tetapi tidak sesuai dengan latar belakang sertifikat pendidiknya wajib mengikuti sertifikasi sesuai dengan bidang tugas baru yang diampunya. Dalam Pasal 5 ayat (2) disebutkan bagi guru yang belum memiliki sertifikat pendidik sesuai dengan bidang tugasnya setelah 2 (dua) tahun sejak pindah tugas mengajar pada bidang tugas yang baru, maka akan dihentikan pembayarannya tunjangan profesinya.
Selain itu bagi para guru yang ingin tetap mengajar sesuai sertifikat pendidikanya meskipun tidak sesuai latar belakang pendidikannya, dapat menempuh jalur kuliah lagi mengambil jurusan sesuai dengan mata pelajaran yang diampunya. Kuliah pindah jalur biasanya menempuh waktu yang lebih singkat dari kuliah reguler, sekitar dua tahun sudah dapat menyelesaikan kuliahnya.
Segala aturan terkait yang telah diuraikan di atas seharusnya dipahami dan dipedomani oleh seluruh pihak yang terkait kegiatan sertifikasi. Mulai dari guru sebagai objek sertifikasi, Kepala Madrasah, Kepala Kementerian Agama Kabupaten/Kota selaku pihak yang mengirimkan peserta sertifikasi dan melakukan pembayaran Tunjangan Profesi Guru, Pimpinan Perguruan Tinggi penyelenggara Sertifikasi, maupun pihak Dirjen terkait sebagai regulator.
Untuk lebih meningkatkan dan menjamin kualitas guru, diharapkan Menteri Agama dapat menerbitkan aturan yang lebih tegas terkait kewajiban guru untuk mengajar sesuai latar belakang pendidikannya sebagai persyaratan mengikuti sertifikasi maupun sebagai persyaratan pencairan tunjangan profesi guru.
