Perjalanan berlangsung 13 jam. Berhenti  di beberapa stasiun selama satu jam. Ketika kereta pergi, para pengawal mendengar para tahanan berbicara dan asap keluar dari celah. mereka pikir tahanan sedang merokok.. Tetapi ada yang menggedor-gedor pintu, berteriak minta air, dan berteriak macam-macam. Namun, para pengawal terus menutup pintu. Tidak peduli sama sekali.
Ketika kereta tiba di tujuan akhir, stasiun Wonokromo Surabaya. pengawas transportasi menemukan bahwa  di gerbong pertama semua tahanan selamat, di gerbong kedua  delapan tewas dan dari gerbong ketiga semuanya tewas 38 tahanan.  Dari total 100 tahanan, 46 tidak selamat.
Polisi Militer dipanggil. Marinir, yang mengurus transportasi di tahan. Komandan kemudian menginterogasi sepuluh orang yang selamat dari para tahanan. Di antara mereka yang selamat adalah orang-orang berpendidikan tinggi, yang cukup bisa bahasa Belanda. Sejumlah tahanan dilaporkan dalam bahasa Melayu interogasi dengan bantuan penerjemah.
Enam marinir juga diinterogasi, termasuk sersan mayor. Baik tahanan dan penjaga memiliki cerita yang sama. Dewan Bela Diri Angkatan Laut di Hindia Timur pada bulan Juli 1948 sangat lunak dalam penilaiannya. Tidak ada niat jahat pada bencana itu. Sersan mayor, yang bertanggung jawab, dijatuhi hukuman satu bulan penjara. Kematian 46 tahanan tidak disengaja.
Pihak pengurus tahanan yang bertanggung jawab atas buruknya kondisi gerbong dan transportasi dijatuhi hukuman delapan bulan penjara, sersan mayor diberi 4,5 bulan. Komandan Batalyon Infanteri Kedua, Letnan Kolonel H.A.G. van der Hardt Aberson tidak terkait, dia tidak mengganggu transportasi dan menyerahkannya kepada bawahannya.
Peristiwa Bondowoso memicu banyak reaksi, baik di dalam maupun luar negeri. Di Belanda, pertanyaan diajukan di House of Representative, yang dijawab oleh Menteri Wilayah saat itu, Jonkman. Dia menyembunyikan fakta bahwa sehari sebelumnya, empat orang sudah meninggal gara-gara gerbong yang panas.
Kesaksian Polisi Militer
Pada 23 November 1947, saya kembali pada malam hari ke Surabaya. Saya diberitahu oleh teman kerja bahwa sesuatu yang serius telah terjadi di stasiun di Surabaya. Wakil dari MP sudah pergi dan. Saya bisa bergabung kesana, jadi saya segera mencari gelang dan helm MP saya. Pemandangan setibanya di stasiun sangat mencengangkan. Itu malam itu dan stasiun remang-remang.Â
Sejumlah gerbong berdiri di trek. Di peron, 54 tahanan duduk berbaris di tanah, benar-benar kuyu. Tidak jauh dari itu terbujur  46 orang mayat. Semuanya penduduk biasa yang  kurus  mengenakan pakaian kecil.  Â
Seluruhnya mengingatkan saya pada gambar-gambar dari kamp konsentrasi pada Perang Dunia II. Terlebih lagi ketika sebuah truk tentara tiba, kemudian beberapa orang yang selamat  itu menumpukan temannya yang mati kedalam truk untuk diangkut ke tempat yang telah ditentukan. Yang selamat itu 12 orang sakit parah, 30 lemas tidak berdaya, hanya 12 orang yang terlihat sehat.
