Dampak El Nio sangat beragam dan dapat mempengaruhi iklim global. Beberapa dampak yang umum terlihat termasuk:
Pertama, Perubahan Pola Hujan
El Nio ini  dapat mengubah pola curah hujan di banyak wilayah di dunia. Beberapa daerah yang biasanya basah dapat mengalami kekeringan, sementara daerah yang biasanya kering dapat mengalami hujan yang lebih banyak dari biasanya.
Kedua, Badai dan Kekeringan yang Ekstrem
Adanya El Nio dapat meningkatkan intensitas badai tropis di Samudra Pasifik timur, termasuk wilayah Pasifik barat, Amerika Tengah, dan Amerika Selatan.
Di sisi lain, wilayah seperti Australia, Indonesia, dan bagian barat Amerika Selatan dapat mengalami kekeringan yang parah.
Ketiga, Perubahan Suhu Global
El Nio dapat mempengaruhi suhu global, mengakibatkan peningkatan suhu rata-rata di beberapa wilayah dan penurunan suhu di wilayah lainnya.
Keempat, Gangguan Terhadap Ekosistem Laut
Perubahan suhu permukaan laut yang disebabkan oleh El Nio dapat memiliki dampak besar pada ekosistem laut.
Misalnya, meningkatnya suhu air dapat menyebabkan kerusakan terumbu karang, pemutihan karang, dan perubahan dalam pola migrasi ikan.
