Dalam diskusi-diskusi politik yang panas, Amien Rais dan Permadi,SH saat itu menjadi bintang dan ramai ditanggap oleh kelompok gerakan, sementara kekuatan PDI dihajar habis, tokoh-tokoh PRD diculik, Amien Rais terus di depan layar, jelas Suharto takut bila berhadapan dengan Muhammadiyah, di titik ini Amien Rais adalah pahlawan, ia bagai Sukarno yang mampu mewarnai jaman. Tulisan-tulisannya di Harian Republika ditunggu banyak orang dan ia menunggu momentum kejatuhan Suharto.
Gerakan mahasiswa di tahun 1998 meledak menjadi upaya penumbangan Suharto dan berhasil, disini Amien Rais dengan lihai masuk ke dalam sentral panggung sejarah, ia menggagas pertemuan politik raksasa di Monas, dan banyak pengamat politik berpendapat "Amien Rais akan menjadikan Monas sebagai 'Tianamen Kedua' mahasiswa akan digilasi tank-tank tentara, tapi ternyata gerakan Monas 20 Mei di acara Kebangkitan Nasional gagal, Amien Rais melihat mahasiswa berkerumun di kompleks MPR/DPR, Amien Rais dengan lihai di kala tokoh politik seperti Gus Dur dan Megawati pasif, ia aktif menggedor pintu MPR/DPR, sepanjang adegan 1998 Amien Rais adalah bintang sejarah.
Kondisi politik yang amat semrawut di tahun 1998 harus dihentikan, apalagi setelah BJ Habibie naik kerusuhan terus menerus meledak, lalu datanglah tiga pemimpin yang punya akar massa kuat : Megawati, Gus Dur dan Sri Sultan, kepemimpinan ini mengandung tiga hal unsur : Nasionalisme, Islam dan Adat. Tatkala gagasan pertemuan Ciganjur dihadiri tiga tokoh itu, Gus Dur meminta Megawati menghadirkan Amien Rais, dan Mega setuju oleh Gus Dur dan Mega, Amien Rais diberikan panggung sejarah.
Tak dinyana, justru Mega dan Gus Dur dikhianati oleh Amien Rais dengan memain-mainkan hitungan angka parlemen, awalnya dalam Pemilu 1999, PDI Perjuangan mendapatkan angka 30% lebih , secara logika Megawati-lah Presiden, namun saat itu Megawati sudah komitmen dalam kesepakatan yang disepakati yaitu : "Kekuatan reformasi tidak boleh bergabung dengan Golkar" dan Amien Rais melihat Golkar ditinggal sendirian, lalu ia menghitung bahwa Golkar adalah vote getter yang kesepian, dia bisa dijadikan gayung politik, disini kemudian Gus Dur dipaksa maju oleh Amien Rais, padahal Amien Rais tau benar kondisi kesehatan Gus Dur tidak memungkinkan, namun Gus Dur menjadi satu-satunya pilihan setelah Amien Rais sendiri menolak dicalonkan menjadi Capres.
Amien Rais dengan cerdik main di posisi penting, ia menjadi Ketua MPR -sebuah jabatan yang diperhitungkan akan menjadi penting bila kekacauan politik terjadi. Amien Rais mampu bertindak seperti kancil yang cerdas ketika kondisi politik sedemikian entropik ( panas dan random), sehingga ia bisa menggeser-geser kekuatan, Amien Rais tak peduli lagi etika politik, ia bisa menjatuhkan dan menaikkan seseorang lewat kemampuannya melakukan utak atik kekuatan politik.
Ketika dirinya diserang terus oleh Gus Dur, Amien Rais menggagas kejatuhan Gus Dur.
Megawati Naik dan Pembentukan Kubu Anti Mega
Ketika Gus Dur dinilai beringas terhadap Amien Rais, maka muncullah ide menjatuhkan Gus Dur dengan sengatan-sengatan politik, dimulai dari kasus pengangkatan Kapolri sampai Gus Dur terpancing mengeluarkan dekrit Presiden RI, keluarnya dekrit itu sebenarnya Gus Dur sadar satu-satunya jalan untuk menyelamatkan kekuasaan dirinya sebagai Presiden RI adalah menendang keluar Amien Rais dari sistem tapi dekrit Presiden itu salah perhitungan, justru Gus Dur dinilainya Inkonstitusional.
Megawati diamankan jalannya oleh Amien Rais, namun Amien Rais juga secara bertahap akan melemahkan posisi politik Megawati, dan pelemahannya itu lewat proses yang legal. Di masa Megawati ada amanat APBN yang harus dijalankan, Pemerintahan Megawati harus memenuhi pos dana APBN dimana salah satu kejar targetnya adalah memenuhi amanat pos Privatisasi APBN senilai Rp. 6,5 trilyun, ketika Laksamana Sukardi, Menteri BUMN harus mengejar posisi itu, muncul berita dari , surat kabar Singapura The Straits Times menyebut bahwa AM Fatwa dan Fuad Bawazir telah minta Amien Rais untuk mendukung Telkom Malaysia sebagai pembeli saham Indosat. Namun saham Indosat dianggap oleh investor luar negeri terlalu mahal, sementara di dalam negeri masyarakat berdebat saham itu terlalu murah untuk dilego. Di satu sisi ada amanat UU yang harus dipenuhi.
Megawati mengambil resiko untuk memenuhi amanat UU, dan ini menjadi kunci kelemahan Megawati. -Karakter yang paling dikenal dari Megawati ia amat patuh terhadap ketentuan yang sudah diputuskan, apalagi ketentuan itu jelas soal konstitusi. Megawati ambil resiko, namun diam-diam Amien Rais tau, bahwa sikap ambil resiko Megawati menghajar popularitasnya, sementara Brutus sudah menunggu di seberang lautan, dan Amien Rais serta SBY bersekutu dengan SBY membentuk rezim baru dimana Megawati tersingkirkan.
Masuknya Hatta Rajasa ke dalam sistem pemerintahan SBY, awalnya diterima setengah-setengah, disanalah Amien Rais terus mengeritik SBY. Dan SBY sadar setiap ucapan Amien Rais akan menggerakkan entropi politik, lalu Hatta Rajasa diperkuat kedudukan politiknya dan sejak itu suara Amien Rais tidak terdengar lagi.