Selama-bertahun-tahun Indonesia mengalami persoalan yang menyangkut persatuan bangsa yaitu munculnya gerakan separatisme di berbagai daerah. Berdirinya Gerakan Aceh Merdeka (GAM), Republik Maluku Serikat (RMS) , dan Organisasi Papua Merdeka (OPM) menjadi masalah besar bagi bangsa Indonesia yang harus segera diselesaikan karena hal tersebut menyangkut keutuhan persatuan suatu bangsa. Pada dasarnya organisasi-organisasi tersebut menuntut untuk melepaskan diri dari wadah Kesatuan Negara Republik Indonesia (NKRI). Alasan Pembentukan Organisasi Papua Merdeka (OPM) menolak pembangunan ekonomi, serta modernitas. Keinginan diri untuk melepaskan diri dari wadah NKRI adalah suatu bentuk gertakan bagi pemerintah Indonesia agar lebih memperhatikan daerah tersebut. Keinginan mereka untuk melepaskan diri dari NKRI sebagai protes karena ketidakadilan pemerintah Indonesia dalam mensejahterakan masyarakat.
Mereka menilai bahwa selama ini mereka tidak mendapatkan kesejahteraan sebagaimana yang dirasakan oleh masyarakat di daerah lain, Jawa khususnya. Distribusi ekonomi, pendidikan, dan kesehatan yang tidak merata sebagai alasan bagi mereka untuk melepaskan diri dari negara Indonesia. Misalnya di daerah Papua, disana terdapat sumber daya alam yang melimpah yaitu emas, tetapi masyarakat asli Papua tidak merasakan hasil dari pengolahan sumber daya alam tersebut. Penguasaan sumber daya alam yang diberikan kepada masyarakat asing di Papua menyebabkan kecemburuan sosial di kalangan masyarakat Papua asli, sebab tanah tersebut milik mereka tetapi hasil dari tanah tersebut dinikmati oleh masyarakat non asli Papua. Mirisnya terlihat kesenjangan sosial antara masyarakat Papua dengan pendatang, banyak pendatang yang terlihat bergelimpang harta sedangkan masyarakat Papua sendiri banyak yang menderita busung lapar, tingkat pendidikan yang rendah, bahkan tingginya penularan HIV AIDS. Hal ini membuktikan bahwa pemerintah tidak memberikan perhatian yang merata pada daerahnya, sehingga dalam menyikapi hal ini masyarakat Papua membentuk gerakan separatisme yaitu Organisasi Papua Merdeka.
Namun, selama ini respon pemerintah Indonesia dalam menanggapi gerakan separatisme tersebut terkesan gegabah, karena ketakutan yang tinggi maka pemerintah menggunakan upaya militer. Upaya militer tidak akan menyelesaikan masalah malah akan memperkeruh masalah karena penyelesaian yang dilakukan didasarkan pada tindakan kekerasan. Hendaknya pemerintah menggunakan pendekatan persuasif dalam menyelesaikan masalah tersebut, dengan melihat alasan yang sebenarnya mendasari timbulya gerakan separatisme. Pemerintah dengan memberikan perhatian yang lebih kepada daerah-daerah tersebut, memberikan kesempatan kepada mereka untuk mencurahkan keinginanya dinilai dapat meminimalisir upaya kekerasan. Distribusi pangan yang lebih merata, alokasi biaya pendidikadi daerah-daerah perbatasan, serta lebih memperhatikan kesehatan-kesehatan masyarakat di daerah tertinggal merupkan bentuk solusi yang seharusnya dilakukan oleh pemerintah. Dengan diberikannya fasilitas yang memadai, serta perhatian yang lebih kepada masyarakat maka akan memberikan kenyamanan bagi masyarakat dan sebagai bentuk upaya untuk meminimalisir munculnya gerakan separatisme yang lain.
