Museum Nasional Jakarta menyimpan berbagai koleksi yang menceritakan sejarah panjang Nusantara, mulai dari zaman prasejarah hingga era modern. Berikut adalah beberapa koleksi dan cerita sejarah penting yang ada di dalam Museum Nasional:
1. Koleksi Zaman Prasejarah: Museum ini memiliki koleksi peninggalan zaman prasejarah yang mencerminkan kehidupan manusia purba di Nusantara. Beberapa koleksi utama meliputi:
      *      Kapak perimbas dan kapak genggam, yang digunakan manusia purba untuk berburu dan bertahan hidup.
      *      Kerangka manusia purba, seperti Homo erectus, yang ditemukan di Sangiran, Jawa Tengah, menunjukkan perkembangan kehidupan manusia di Indonesia.
2. Koleksi Arkeologi dan Hindu-Buddha: Museum Nasional juga dikenal karena koleksi artefak yang mencerminkan kejayaan kerajaan-kerajaan Hindu-Buddha di Indonesia. Beberapa yang terkenal adalah:
      *      Arca Bhairawa dari Padang Roco, Sumatera Barat, menggambarkan Dewa Siwa dalam wujud Bhairawa. Arca ini merupakan salah satu koleksi terbesar, dengan tinggi lebih dari 4 meter.
      *      Prasasti Tugu, peninggalan Kerajaan Tarumanegara (abad ke-5), yang mencatat pembangunan saluran irigasi pada masa Raja Purnawarman.
      *      Arca Ganesha dan Arca Buddha dari era Kerajaan Majapahit dan Sriwijaya, mencerminkan pengaruh agama Hindu dan Buddha di Nusantara.
3. Koleksi Etnografi: Koleksi ini menunjukkan keragaman budaya dari Sabang hingga Merauke, seperti:
      *      Busana adat dari berbagai suku, termasuk tenun ikat dari Nusa Tenggara dan batik Jawa.
      *      Peralatan tradisional, seperti alat musik (gamelan, angklung) dan peralatan rumah tangga tradisional.
