Banyak dari mereka yang kembali ke tanah air, terutama perempuan dan anak-anak, tidak memiliki fasilitas yang memadai setelah dipulangkan. Banyak dari mereka tidak memiliki rumah karena mereka telah meninggalkan negara itu beberapa dekade yang lalu, sementara puluhan ribu lainnya lahir di Pakistan.
Afghanistan memprotes tindakan tidak manusiawi Pakistan yang mendeportasi warga Afghanistan.
"Ini adalah ketidakadilan, ketidakadilan yang tidak bisa diabaikan dengan cara apa pun. Pengusiran paksa terhadap orang-orang bertentangan dengan semua norma bertetangga yang baik," kata Bilal Karimi, juru bicara pemerintah Afghanistan, kepada situs berita Al Jazeera baru-baru ini.
"Dalam jangka panjang, mungkin terdapat banyak dampak negatif terhadap hubungan dan komunikasi kedua negara."
Pakistan mengatakan bahwa sebagian besar warga Afghanistan telah pergi secara sukarela, sebuah klaim yang ditolak oleh Kabul yang menyebut tindakan Pakistan "sepihak" dan "memalukan".
"Pengusiran pengungsi Afghanistan dalam jumlah besar dan dengan cara yang memalukan, ketika musim dingin tiba dan cuaca semakin dingin, adalah keputusan yang kejam dan tidak adil," ujar Karimi kepada Al Jazeera.
Pada akhir tahun 1970-an dan 1980-an, puluhan ribu warga Afghanistan melarikan diri ke Pakistan setelah invasi Soviet ke negara tersebut, dan lebih banyak lagi yang mengungsi setelah Amerika Serikat menyerang negara miskin tersebut setelah serangan 9/11.
Baru-baru ini, antara 600.000 dan 800.000 warga Afghanistan diyakini telah tiba di Pakistan setelah Taliban mengambil alih kekuasaan di tahun 2021.
Pakistan menyalahkan para pejuang dan migran Afghanistan atas meningkatnya serangan bersenjata di Pakistan dalam beberapa tahun terakhir.
Pada tanggal 3 Oktober ketika keputusan untuk mendeportasi pengungsi "ilegal" diumumkan, Menteri Dalam Negeri sementara Pakistan Sarfraz Bugti mengatakan dari 24 aksi bom bunuh diri di negara itu tahun ini, 14 di antaranya dilakukan oleh warga negara Afghanistan.