Banyak kejadian terorisme yang terjadi di negeri ini mulai dari bom Bali 1, JW Marriot hingga yang terbaru adalah bom di gereja pantekosta di Surabaya. Setelah itu semua mata pasti tertuju pada pelakunya yang keseringan dilakukan oleh oknum yang mengaku Islam. Sentimen-sentimen negatif kemudian dialamatkan kepada agama Islam terlebih di negara-negara barat yang bahkan membentuk komunitas anti Islam.
Di Indonesia, lembaga yang khas dengan pendidikan agama Islam adalah pesantren dimana santri-santrinya belajar seluk beluk agama Islam dari sana. Dari sinilah timbul anggapan sebagian masyarakat bahwa dari pesantren inilah bibit-bibit terorisme dimunculkan. Anggapan ini hanya ketidaktahuan mereka saja karena memang pastinya tidak pernah masuk ke pesantren dan menutup mata atas manfaat yang diberikan pesantren.
Justru sebenarnya pesantren inilah yang mencegah radikalisme karena paham-paham yang diajarkan dalam pesantren adalah paham Islam rahmatan lil alamin. Didalam pesantren santri-santri mereka didoktrin untuk menjalankan Islam sesuai al-Qur'an, Sunnah dan Ijma' Ulama' sehingga pemikiran-pemikiran radikal tidak akan bisa menyentuh mereka. Justru kebanyakan pelaku-pelaku terorisme seperti bom bunuh diri dilakukan oleh oknum-oknum yang memiliki pengetahuan agama yang dangkal. Seandainya mereka pernah mengenyam pendidikan pesantren maka mereka tidak akan bisa terpengaruh oleh janji-janji palsu yang justru bertentangan dengan al-Qur'an dan Sunnah.
Banyak masyarakat yang terlalu menganggap remeh pesantren karena menurut mereka lulusan pesantren hanya bisa mengaji. Padahal mengaji adalah awal dari memahami ajaran agama. Sehingga seseorang yang lebih sering mengaji wawasan keagamaannya akan luas dan akan mustahil ikut kegiatan radikalisme. Sangat tepat sekali bagi orang tua yang ingin membentengi anak-anak mereka dari hal-hal negatif dengan memasukkannya di pesantren.
Jika kita lihat sejarah Bangsa Indonesia pergerakan kemerdekaan banyak berasal dari pesantren. Banyak pemikiran-pemikiran berillian datang dari pesantren. Sejak zaman kemerdekaan sampai era 90an masyarakat masih sangat mempercayai pesantren bagi pendidikan anak mereka dan di era itu tidak pernah terdengar aksi-aksi radikalisme di negara kita. Justru di era millineal dimana para orang tua lebih memilih pendidikan non pesantren bagi anak-anak mereka dari sinilah mulai kita lihat banyak aksi radikalisme yang terjadi karena memang anak-anak tersebut tidak dibekali dengan pengetahuan agama yang semestinya, sehingga banyak yang menyalah artikan kata jihad.
