Meski telah memiliki otonomi khusus, pemerintahan Papua belum juga mampu mensejahterakan Rakyatnya. Kemiskinan, kelaparan, keterbelakangan masih menjadi masalah utama yang melilit Papua. Keluarnya otonomi khusus Papua belum mampu memberikan sumbangsihnya terhadap kesejahteraan rakyat Papua. Ada pendapat yang mengatakan pula bahwa adanya otonomi khusus Papua hanya sebagai iming-iming agar rakyat Papua tak ingin lagi merdeka melepaskan diri dari Indonesia. Disisi lain kesuburan tanah dan kekayaan sumber daya alam yang melimpah ruah belum juga mampu menyejahterakan rakyat Papua. Pemerintah seperti melupakan Papua sebagai bagian dari Indonesia yang berhak juga untuk mendapat kemakmuran dari Negara.
Berbeda dengan Jakarta yang hampir setiap hari mendapat kesempatan untuk memakmurkan rakyatnya dengan berbagai kebijakan dan pembangunan yang disusun oleh pemerintah. Sumber daya alam melimpah, sumber daya manusia juga melimpah, serta selalu mendapat perhatian penuh karena Jakarta sebagai Ibu Negara yang menurut pemerintah harus selalu diperbaiki membuat kesenjangan antara daerah sangat terlihat mencolok.
Melihat kedua fakta diatas tidak dipungkiri jika Papua ingin merdeka dan melepaskan diri dari Negara Kesatuan Republik Indonesia. Masalah ini tentu bukan salah rakyat yang ingin mendapat keadilan. Pada dasarnya makna keadilan itu adalah sama rata, tidak berat sebelah, dan tidak pandang bulu. Namun pada kenyataannya justru rakyat terbelakang seperti Papua seolah dibiarkan dengan tidak ada usahanya dari pemerintah untuk bersikap adil pada Papua. Penyusunan kebijakan baru dan pelaksanaan otonomi khusus (otsus) secara benar dan jujur mungkin dapat sedikit membangun kesejahteraan rakyat Papua dan melepaskan Papua dari berbagai masalah yang membelenggu, serta dapat mensejahterakan rakyat Papua agar tak lagi merasa dikucilkan.