Eksistensi pesantren sampai saat ini masih menarik untuk diamati dan dikaji. Kemampuannya bertahan sebagai lembaga pendidikan tradisional masih menjadi perhatian, di tengah era globalisasi dan modernisasi.
Kurikulum, motede pembelajaran, dimensi keilmuan, serta nilai-nilai lainnya yang diterapkan di lingkungan pesantren sangat berbeda dengan apa yang diterapkan oleh lembaga-lembaga pendidikan pada umumnya, seperti universitas/perguruan tinggi.
Sebagai lembaga pendidikan yang mempunyai ciri khas tersendiri, pesantren memiliki tradisi keilmuan yang berbeda dari tradisi keilmuan lembaga-lembaga lain. Walaupun hal ini mungkin tidak begitu disadari selama ini.
Sebagai sebuah lembaga pendidikan agama maka ilmu yang dipelajari juga berbasis agama, dalam hal ini yaitu Alquran dan As-Sunah. Kurikulum yang berlaku di banyak pesantren di Indonesia tidak berdasarkan kurikulum pendidikan yang ditetapkan oleh Kementerian Agama (Kemenag). Sementara perguruan tinggi kebanyakan merupakan penyelenggara pendidikan umum, maka perguruan tinggi mengajarkan ilmu-ilmu yang berbasis pada teori, riset dan pengkajian.
Dalam dimensi keilmuan antara pesantren dan kampus tampak mencolok perbedaannya, bahwa dunia perguruan tinggi adalah dunia ilmu pengetahuan.
Tujuan utama pendidikan tinggi adalah mengembagkan dan menyebarkan ilmu pengetahuan, teknologi, dan kebudayaan dengan proses belajar mengajar, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat.
Sementara tujuan pendidikan di pesantren tidak semata-mata untuk memperkaya pikiran murid dengan penjelasan-penjelasan, tetapi untuk meninggikan moral, melatih dan mempertinggi semangat, mengargai nilai-nilai spiritual dan kemanusiaan, mengajarkan sikap dan tingkah laku yang jujur dan bermoral.
Dan menyiapkan para santri untuk hidup sederhana dan bersih hati. Pada intinya adalah moralitas dan pengabdian pada Tuhan.
Selain berbasis pada sumber-sumber hukum Islam, keilmuan di pesantren juga pada umumnya bersumber dari Kitab Kuning. Sehingga bahasa dan huruf yang digunakan yaitu bahasa dan huruf Arab.
Sementara di dunia kampus kebanyakan ilmu yang dipelajari bersumber dari dunia barat yang ditulis oleh ilmuan dan filsuf barat pula. Sehingga yang digunakan yaitu bahasa inggris dan huruf latin.
Karena dimensi keilmuan yang dipelajari oleh santri dan mahasiswa cukup jauh berbeda, maka tentu cara mereka untuk mempelajari dan memahami ilmu-ilmu tersebut berbeda pula.