Selama ini sebagian orang memandang bahwa antara gubernur DKI Jakarta Anies Baswedan dengan Presiden RI Joko Widodo selalu berbeda kebijakan dalam hal penanganan Covid-19.
Bahkan lebih jauh lagi ada pandangan lain, bahwa pemerintah pusat dalam hal ini presiden "selalu menjegal" apa yang menjadi kebijakan Anies Baswedan sebagai gubernur DKI Jakarta dalam penanganan Covid-19.
Pandangan bahwa pemerintah pusat "selalu menjegal" apa yang menjadi kebijakan Anies Baswedan sebagai gubernur DKI Jakarta dalam penanganan Covid-19 mencuat pertama kali ketika Anies Baswedan membentuk Tim Tanggap Covid-19 DKI jakarta pada bulan Maret lalu.
Tetapi oleh Presiden Jokowi, melalui Menteri Dalam Negeri Tito Karnavian tim bentukan Anies Baswedan itu diubah menjadi Tim Gugus Tugas Percepatan Penanganan Covid-19 DKI Jakarta diselaraskan dengan Keputusan Presiden Nomor 7 Tahun 2020.
Kemudian di awal terjadinya kasus Covid-19 Anies Baswedan ingin menerapkan kebijakan lockdown untuk memutus rantai penyebaran Covid-19.
Akan tetapi Presiden Jokowi tidak menyetujuinya. Presiden Jokowi waktu itu berulang kali menyampaikan di hadapan media bahwa kebijakan lockdown adalah kebijakan pemerintah pusat, bukan kebijakan pemerintah daerah.
Berkaitan dengan mudik, Anies Baswedan menegaskan berkali-kali bahwa warga masyarakat diimbau untuk tidak mudik demi menjaga penularan Covid-19 ke daerah-daerah. Akan tetapi Presiden Jokowi berpendapat lain.
Menurut Presiden Jokowi mudik memang beresiko menularkan virus, tetapi ada dua kelompok yang tidak bisa dilarang. Yaitu mereka yang mudik karena alasan ekonomi dan mudik karena alasan tradisi turun temurun.
Tetapi dalam perkembangan kemudian Presiden Jokowi juga akhirnya mengeluarkan kebijakan tentang larangan mudik. Menurut presiden mudik dilarang tetapi pulang kampung diperbolehkan.
Selain itu ada beberapa kebijakan Anies Baswedan yang lain sebagai gubernur DKI Jakarta yang tidak sinkron dengan kebijakan pemerintah pusat (Presiden Jokowi). Seperti tentang publikasi kasus Covid-19, tentang karantina wilayah, tentang operasional tarnsportasi, dan sebagainya.
Akan tetapi belakangan ini "perbedaan" kebijakan antara Anies Baswedan sebagai gubernur DKI Jakarta dengan Presiden Jokowi tidak terlihat lagi.