Sebetulnya kedaulatan Indonesia atas Papua sudah selesai dan final lewat Pepera 1969, tetapi meski demikian ada saja pihak-pihak yang merongrong hal tersebut. Aspirasi-aspirasi untuk menentukan nasib sendiri atau Papua Merdeka biasanya bermunculan pada momen 1 Desember, hari dimana disebut sebagai ulang tahun Organisasi Papua Merdeka oleh pemerintah Indonesia.
Salah satu aksi yang mengejutkan adalah deklarasi pemerintahan sementara di Papua oleh United Liberalitation Movement for West Papua (ULMWP). ULMWP adalah gerakan Papua Merdeka luar negeri pimpinan Benny Wenda yang berpusat di Vanuatu, sebuah negara kepulalan di Pasifik Selatan yang sebelumnya merupakan jajahan Inggris dan Perancis.
Tetapi Deklarasi UMLWP dan Benny Wenda tersebut sepertinya bukan merupakan suara bulat dari semua gerakan Papua Merdeka. Terbukti tokoh OPM TNPPB, Sebby Sambom mengutarakan menolak deklarasi UMLWP dan klaim presiden sementara Benny Wenda karena deklarasi dilakukan di luar negeri dan Benny Wenda saat ini berstatus sebagai warga negara asing.
Selain ditolak oleh sesama Gerakan Papua Merdeka, aksi deklarasi tersebut juga bertentangan dengan Resolusi PBB. PBB telah mengakui kedaulatan Indonesia secara resmi dan syah dalam Resolusi 2504. Selain resolusi tersebut secara prinsip hukum internasional Papua memang seharusnya masuk NKRI karena sama-sama dalam jajahan Belanda sebelumnya. Berdasarkan prinsip uti possidetis juris wilayah suatu negara mengikuti bekas negara penjajahnya.
Dalam sejarahnya, Belanda baru mengakui kedaulatan Indonesia pada tahun 1949, meliputi semua Hindia Belanda tetapi tidak termasuk Papua. Bergabungnya kembali Papua dari Belanda ke Indonesia diperoleh dengan perjuangan keras, termasuk melibatkan tokoh-tokoh asli Papua. Diantara tokoh-tokoh tersebut bahkan kini dinobatkan sebagai Pahlawan Nasional Indonesia. Pahlawan-pahlawan nasional RI asal Papua diantarnya adalah Frans Kaiseipo, Marthen Indey, Silas Papare, Johannes Abraham Dimara, dan Machmud Singgirei Rumagesan.
Frans Kaiseipo lahir di Pulau Biak, 10 Oktober 1921. Ia merupakan tokoh yang giat menentang Belanda dan mengusahakan integrasi Papua ke Indonesia. Dikenal sebagai orang pertama yang mengusulkan nama Irian untuk mengganti Papua dan Nederlands Nieuw Guine. Ia kemudian menjadi Gubernur Irian Barat yang ikut menyukseskan Pepera 1969. Pada masa pemerintahan Presiden Soeharto ia dinobatkan sebagai Pahlawan Nasional Indonesia tahun 1993.
Sama dengan Frans Kaiseipo, Marthen Indey juga dinobatkan sebagai Pahlawan Nasional RI pada tahun 1993. Ia lahir di Kampung Doromena, 16 Maret 1912. Latar belakangnya adalah sebagai polisi dan tentara sekutu pada Perang Dunia II. Ia pernah memberontak terhadap Hollandia (Pemerintah Belanda di Papua saat itu) untuk membebaskan gurunya. Selanjutnya ia terlibat dalam gerakan anti Belanda. Ia mendesak Negara Indonesia untuk mempertahankan Irian Barat dan menolak kemauan Belanda untuk memisahkan wilayah tersebut dari Indonesia.
Silas Papare juga dinobatkan sebagai Pahlawan Nasional Indonesia pada tahun 1993. Ia lahir di Serui, 18 Desember 1918. Latar belakangnya adalah seorang juru rawat yang kemudian diperbantukan sebagai tentara sekutu. Ia pernah mengadakan pemberontakan terhadap Belanda bersama Marthen Indey. Pada tahun 1950 an ia hijrah ke Pulau Jawa dan ikut serta dalam pembentukan Badan Perjuangan Irian. Pemerintah Indonesia menunjuknya sebagai Biro Irian di Jakarta. Pada tahun 1962 ia menjadi delegasi Indonesia dari Papua dalam perjanjian New York untuk menyelesaikan sengketa Irian Barat.
Johannes Abraham Dimara dinobatkan sebagai Pahlawan Nasional Republik Indonesia pada masa pemerintahan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono pada tahun 2010. Ia lahir di Biak Utara, 16 April 1916. Meski lahir di Papua, Johannes Dimara besar di Ambon Maluku. Latar belakangnya adalah Heiho, semacam pertahanan sipil pada masa penjajahan Jepang. Pada masa kemerdekaan ia bergabung dalam Batalion Pattimura yang merupakan bagian Angkatan Perang Republik Indonesia Serikat. Presiden Soekarno menunjukknya sebagai Ketua Organisasi Pembebasan Irian. Ia juga merupakan delegasi Indonesia di PBB untuk perundingan sengketa Irian Barat.
Yang terakhir adalah Pahlawan Nasional RI asal Papua yang baru saja dinobatkan oleh Presiden Jokowi pada tahun 2020 ini, Machmud Singgirei Rumagesan. Ia lahir di Kokas, Fakfak, Papua Barat pada 27 Desember 1885. Ia ditunjuk sebagai Kepala Distrik Kokas pada masa pemerintahan Belanda mulai 1915.