Rancangan undang undang sistem pendidikan ini menjadi polemik lantaran diketahui bahwa tidak di cantumkannya istilah "MADRASAH" di RUU SISDIKNAS.
Namun Dalam tahap perencanaan ini draf ini masih terus di revisi yakni masih dalam proses pengkajian dan akan di tinjau kembali nantinya.
Madrasah tetap masuk Sisdiknas dan diatur melalui batang tubuh RUU sisdiknas, jenis sekolah akan dipaparkan di bagian penjelasan agar tidak terikat di tingkat UU sehingga lebih fleksibel.
Sekolah maupun madrasah secara substansi tetap menjadi bagian dari jalur-jalur pendidikan yang diatur dalam batang tubuh RUU Sisdiknas. Namun penamaan secara spesifik seperti SDN, MI, SMP dan MTs atau SMA, SMK dan MA akan dipaparkan di bagian penjelasan.
