Proses Sertifikasi Halal oleh BPJPH sebagai berikut:
- pertama, pelaku usaha mengajukan permohonan secara tertulis kepada BPJPH yang dilengkapi dengan dokumen: data pelaku usaha, jenis produk, daftar bahan produk yang digunakan dan proses pengelolaan produk.
- kedua, lembaga pemeriksa halal atas perintah BPJPH melakukan pemeriksaan dan pengujian kehalalan produk dalam 5 hari dalam kerja.
- ketiga, auditor halal LPH melakukan pemeriksaan kehalalan produk. LPH melakukan pengujian di laboratorium.
- keempat, hasil pemeriksaan dan pengujian kehalalan oleh LPH di laporkan ke BPJPH.
- kelima, BPJPH menyampaikan laporan LPH kepada MUI untuk memperoleh penetapan kehalalan produk melalui sidang fatwa halal.
- keenam, MUI bersama dengan pakar, unsur kementrian atau lembaga dan instansi terkait melakukan sidang fatwa halal untuk menetapkan keputusan penetapan halal produk menjadi dasar penerbitan sertifikat halal
- ketujuh, keputusan penetapan halal dihasilkan paling lama 30 hari sejak MUI menerima berkas hasil pemeriksaan dari BPJPH.
- kedelapan, setelah status produk ditetapkan halal, BPJHP menerbitkan sertifikat halal paling lama 7 hari sejak keputusan penetapan halal produk diterima oleh MUI.
- kesembilan, sertifikat halal yang dimiliki pelaku usaha berlaku selama 4 tahun sejak diterbitkan oleh BPJPH kecuali terdapat perubahan komposisi bahan. paling lambat 3 bulan sebelum masa ini berakhir, sertifikat halal wajib diperpanjang oleh pelaku usaha dengan mengajukan sertifikat halal.
Lembaga Sertifikasi Halal Luar Negri yang diakui oleh MUI
ASIA
1. Majelis Ugama Islam Singapore
2. Jabatan Kemajuan Islam Malaysia (JAKIM)
3. Bahagian Kawalan Makanan Halal Jabatan Hal Ehwal Syariah
4. Muslim Provesional Japan Association (MPJA)
5. The Japan Moslem Association (JMA)
6. Taiwan Halal Integriti Development Association (THIDA)
7. Jamiat Ulama Halal Fondation
8. Jamiat Ulama I-hin Halal Trust