Self assessment system merupakan salah satu sistem pemungutan pajak dimana wajib pajak diberikan kepercayaan untuk menghitung, memperhitungkan, menyetor, dan melaporkan sendiri pajak yang terutang. Oleh karena itu, wajib pajak dapat mengelola segala aktivitas perpajakan secara ekonomis, efektif dan efisien (memanajemen pajak) agar beban pajak yang harus dibayarkan oleh wajib pajak dapat diminimalisir. Hal ini dapat tercapai karena adanya fungsi yang dijalankan yaitu:
1. perencanaan
2. pengorganisasian pajak
3. pelaksanaan pajak
4. pengawasan pajak.
Manajemen pajak seharusnya dilakukan sesuai dengan ketentuan peraturan UU perpajakan yang berlaku. Meski wajib pajak telah melakukan perhitungan pajak terutang yang harus dibayarkan sesuai dengan UU yang berlaku, terkadang masi dapat terjadi kesalah pemahaman oleh DJP sehingga menimbulkan sengketa pajak antara DJP dan Wajib pajak yang dapat disebabkan oleh:
1. Adanya kebijakan perpajakan yang dikeluarkan Ditjen Pajak berdasarkan kewenangan yang diberikan undang-undang. Namun,
2. wajib pajak merasa tidak puas dengan kebijakan tersebut sehingga mengajukan upaya hukum yang memang diperbolehkan oleh UU No 14 Tahun 2002 tentang Pengadilan Pajak.
3. Adanya perbedaan interpretasi antara WP dan Ditjen Pajak mengenai aturan perundang-undangan.
4. Perbedaan metode perhitungan jumlah pajak mengenai jumlah yang harus disetor pada negara.
5. Keberatan atas penetapan sanksi denda pajak.