Barry Seal (diperankan Tom Cruise) pada mulanya hanya terbang rutin dari New York ke Los Angeles. Sesekali, ia melayani pengiriman tertentu. Semasa sekolah pilot, dia adalah pribadi yang berprestasi. Barry melukiskan dirinya sebagai orang yang bertindak dulu, berpikir kemudian. Latar belakang karakter seperti ternyata masuk kedalam radar Central Intelligence Agency (CIA). Tegas kata, bukan saja berani mengambil resiko, suami dari Lucy Seal ini adalah perkakas yang bagus untuk rencana-rencana berbahaya. Perkakas yang ideal dalam mendukug operasi senyap.
Menjelang akhir tahun 1970an, lewat agen yang mengenalkan diri sebagai Monty Schafer, Barry diminta melakukan pengintaian di beberapa negara Amerika Tengah yang mulai melahirkan kelompok bersenjata aliansi Soviet. Barry dibekali pesawat paling cepat zaman itu dengan fasilitas memotret dari udara. Barry hanya harus terbang rendah dan menghindari tertembak jatuh. Hasil foto udara yang rutin dikirim kepada Schafer adalah tindakan brilian. Barry lantas diminta terbang ke Panama, bertemu kolonel Noriega, seorang penyuplai informasi CIA.
Penerbangan ke Panama inilah yang mengubah hidup Barry. Ia terlibat dalam operasi intelijen tingkat tinggi sekaligus kolaborasi dengan kartel narkoba dari Kolombia yang dikenal dengan nama Medellin. Dari catatan wikipedia, kartel ini didirikan oleh Jorge Luis, Juan David, and Fabio, bersama Pablo Escobar, George Jung, Carlos Lehder and Jos Gonzalo Rodrguez Gacha. Mereka memiliki wilayah operasi dari Amerika Selatan hingga Amerika Tengah sampai Amerika Serikat.
Kolaborasinya dimulai ketika aktifitas bolak-balik terbang ke Panama terpantau oleh kartel Medellin. Barry lantas diminta sebagai kurir yang memasok kokain ke Amerika, khususnya di wilayah Los Angeles. Medellin telah gagal dengan beberapa pilot. Untuk sekilo kokain, dia akan mendapat imbalan dua ribu dolar. Barry menyetujui dan mulai menjalankan operasi ganda: agen intelijen dan kurir narkoba. Perlahan-lahan, hidupnya bergelimang kemewahan dan makin jauh masuk dalam bahaya.
Rezim Ronald Reagan saat itu, kepada publik, menyatakan perang terhadap narkoba. DEA dan FBI menjadi penegak hukum dalam negeri yang bekerja untuk penumpasan narkoba. Schafer tahu jika Barry tengah memainkan peran ganda namun membiarkan. Hingga Barry harus mendekam di penjara ketika militer Kolombia mengepung sebuah rumah dimana dirinya sedang merayakan kesuksesan bersama bos-bos Medellin.
Schafer lalu mengajukan negoisasi baru. Barry yang dipenjara di Kolombia dan keluarga yang terancam digrebek satuan FBI memaksa Barry menyetujuinya. Kali ini, Barry menjadi pilot yang mula-mula membawa senjata untuk kelompok yang melawan Sandinista hingga mengangkut orang-orang yang kelak disebut sebagai kelompok Contra itu. Barry merekrut orang baru dan membentuk tim. Mereka diberikan hanggar dan landas pacu sendiri.
Uang datang makin banyak. Bukan saja tetap mengangkut narkoba dari Kolombia, Bary dan timnya juga menjadi kurir penyuplai senjata. Sebagai petugas lapangan dari CIA dan pelaku garis depan politik luar negeri Reagan terhadap Nikaragua, Barry tetap memainkan kepentingannya sendiri: mengakumulasi kekayaan dari bisnis narkotik. Barry memiliki rumah mewah, keluarga yang kaya raya, serta melakukan pencucian uang dengan membuat usaha-usaha fiktif. Ia menjadi nasabah terhormat bank.
Barry kini menampung dua identitas sekaligus: patriot bagi kepentingan nasional Amerika Serikat (= politik luar negeri agresif Reagan) dan musuh besar DEA serta FBI. Karir ganda Barry ini hampir saja tamat ketika FBI dan DEA telah memiliki cukup bukti untuk meringkusnya. Namun ia tetap selamat karena kepentingan intelijen yang lebih tinggi nan serius. Kepentingan yang membawanya ke White House.
Oleh para staff Reagan, Barry diminta membantu propaganda hitam terhadap kelompok Sandinitas atau gerakan komunis secara luas di Amerika Tengah. Contra terlalu lembek, bukanlah lawan tarung Sandinista. Propaganda hitam yang akan dilakukan adalah dengan cara mengambil gambar bos-bos kartel kala melakukan pengiriman senjata dan narkotik. Foto-fotonya kemudian muncul di media massa, barang bukti yang efektif.
Rezim Reagan kini memiliki justifikasi tambahan tentang bahaya komunisme. Kelompok yang diinspirasi oleh filsafat Marxisme-Leninisme ini bukan saja membahayakan nilai-nilai Amerika tentang demokrasi, kemerdekaan dan kebebasan. Mereka juga membahayakan generasi Amerika bahkan dunia dengan terlibat perdagangan narkoba. Justifikasi ini dibutuhkan untuk mendorong aksi yang lebih keras, tentu saja. Termasuk dukungan politik dari dalam rumah mengingat kekalahan dalam perang Indo-China II melawan Vietcong, di Asia Tenggara.
Barry, penerbang dengan peran kunci dibalik ambisi Reagan menghapus komunisme di halaman depan rumah Paman Sam.