Berbagai isu dan wacana bahwa perangkat desa khususnya sekretaris desa yang berstatus PNS akan dimutasi atau ditarik oleh pemerintah daerah ke lingkungan UPTD maupun SKPDnya membuat tidak kondusif dan menimbulkan permasalahan baru dil apangan. Wacana tersebut mencuat lantaran mangacu ketentuan dalam Pasal 118 ayat (6) UU Desa yang mengisyaratkan bahwa perangkat desa yang berstatus PNS melaksankan tugasnya sampai ditetapkan penempatannya yang diatur dengan Peraturan Pemerintah.
Permasalahan yang saat ini dihadapi dalam implementasi ketentuan tersebut adalah adanya perbedaan atau ketidakjelasan pengaturan yang seharusnya diatur dalam Peraturan Pemerintah sebagai peraturan turunan atau peraturan pelaksana dari ketentuan Pasal 118 (6) undang-undang desa. Disatu sisi hal tersebut terkesan nampak sederhana namun jika memperhatikan dinamika yang terjadi dilapangan bahwa hingga sekarang belum adanya pengaturan yang detail dan konstruktif terkait kejelasan penempatan dan transisi perangkat desa yang berstatus PNS, hal ini justru menimbulkan ketidakjelasan status dan ketidakpastian hukum bagi kalangan perangkat desa yang saat ini berstatus sebagai PNS.
Disamping itu dengan adanya wacana mutasi maka hal ini tentunya akan menyebabkan kekosongan jabatan Sekdes di Desa-desa khususnya diwilayah se Jawa Tengah. Hal tersebut pastinya berimplikasi kepada pelayanan dan kelancaran admnistrasi yang semsetinya berjalan dan dilaksanakan oleh seorang sekretaris desa. Sehingga meskipun ada pasal yang menyebut perangkat desa berstatus PNS akan dikembalikan ke Pemerintah Kabupaten, hal itu juga tak serta merta akan bisa direalisasikan begitu saja
Dampak dari isu penarikan itu, secara psikologis kinerja sekdes di sejumlah desa tidak nyaman. Sekdes merasa terbebani dengan adanya isu tersebut. Mereka tidak bisa bekerja maksimal karena isu itu kerap menjadi perbincangan publik, utamanya di tingkat desa. Berkenaan dengan hal ini sebaiknya Pemerintah Kabupaten dapat mengkaji aturannya terlebih dulu, jangan langsung mengambil kebijakan penarikan tersebut, sebelum diputuskan karena ini menyangkut banyak hal yang berpotensi menimbulkan problem di bawah.
Kedudukan jabatan sekretaris desa di era modern dan kemajuan teknologi dewasa ini dalam upaya pembinaan tata kelola administrasi birokrasi didalam penyelenggaraan pemerintah desa sangatlah diutamakan, terlebih sekrataris desa yang memiliki latar belakang sebagai pegawai negeri sipil diharapkan mampu menjadi perpanjangan tangan dan perwakilan pemerintah dalam menterjemahkan serta melaksanakan program-program baik yang berasal dari pemerintah pusat maupun pemerintah daerah.
Hal tersebut bukan dimaksudkan untuk mencampuri otonomi desa yang telah berlaku, akan tetapi menekankan lebih kepada aspek yang bersifat koordinatif serta konstruktif dalam upaya tertib administrasi birokrasi di pemerintahan desa. Melihat begitu penting dan besarnya tanggung jawab Sekdes, maka kemampuan dan profesionalisme Sekdes harus ditingkatkan bukan dilemahkan. Kedudukan dan penempatan jabatan Sekdes PNS sebagai salah satu upaya peningkatan manajemen tata kelola administrasi birokrasi pemerintahan desa.
Dalam Pasal 155 Peraturan Pemerintah No. 43 Tahun 2014 tentang Peraturan Pelaksana Undang-Undang Desa diatur mengenai Sekretaris desa merupakan salah satu bagian dari unsur perangkat desa, mengatur ketentuan bahwa Sekretaris Desa yang berstatus sebagai pegawai negeri sipil tetap menjalankan tugasnya sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan. Sedangkan dalam Pasal 12 Ketentuan Peralihan Permendagri No. 83 Tahun 2015 tentang Pengangkatan dan Pemberhentian Perangkat Desa diatur secara keseluruhan tanpa spesifikasi dan diferensiasi perangkat desa, artinya sekretaris desa yang berstatus PNS termasuk sebagai perangkat desa, sehingga dapat dikatan harus mengikuti ketentuan bahwa perangkat desa yang diangkat sebelum ditetapkan Permendagri No. 83 tahun 2015 tetap melaksanakan tugas sampai habis masa tugas berdasarkan surat keputusan pengangkatannya.
Akan tetapi dengan melihat empty of law (kekosongan hukum) terkait dengan pengaturan Sekdes PNS ini maka Kepala Desa tetap bisa mempertahankan Sekdes PNS untuk menjadi pendampingnya selama periode kepempimpinnya. Kepala Desa memiliki kewenangan apabila ingin mempertahankan sekdes PNS nya yang berdedikasi kepada pemerintahan desanya, bisa saja dengan menggunakan hak politiknya ataupun pengambilan keputusan melalui diskresinya untuk mempertahankannya.
Sehingga apabila disetiap wilayah kabupaten membuat peraturan daerah maupun peraturan bupati guna mengatur keberadaan dan posisi sekretaris desa yang berstatus PNS yang saat ini masih aktif, untuk dilakukan mutasi ke lingkungan administrasi pemda tanpa memperhatikan norma hukum yang jelas, maka kebijakan mutasi tersebut sangat rawan menjadi polemik dan gugatan ke PTUN.
Mengingat hirarki perundang-undangan yaitu bahwa peraturan perundangan yang lebih rendah kedudukannya tidak boleh bertentangan dengan peraturan yang lebih tinggi, sehingga dalam hal ini peraturan yang dikeluarkan oleh pemda kabupaten tidak boleh bertentangan dengan permendagri No. 83 tahun 2015 tentang pengangkatan dan pemberhentian Perangkat desa.
Kebijakan Pemerintah boleh saja menuai pro dan kontra, akan tetapi sebuah kebijakan tentunya harus berkeadilan dan tidak boleh mengandung ketidakpastian hukum dalam implementasinya.