Sekolah-sekolah salafiyyah sekarang sudah merebak. Dimana sekolah tersebut mengajarkan banyak ilmu-ilmu agama daripada ilmu pengetahuan umum seperti ilmu nahwu, ilmu shorof, ilmu hadits dan lain sebagainya.
Konsentrasi mata pelajaran keagamaan yang banyak tersebut menuai kendala-kendala yang akan dihadapi oleh guru mata pelajaran umum. Adapun kendala-kendalanya sebagai berikut :
- Peserta didik kurang berkonsentrasi pada mata pelajaran umum
Banyak peserta didik yang lebih menyukai mata pelajaran salaf daripada mata pelajaran umum. Hal itu disebabkan karena pola pikir anak didik sekolah salaf berasumsi bahwa mata pelajaran salaf lebih bermanfaat di masyarakat daripada mata pelajaran umum.
- Sarana dan prasarana yang kurang memadai
Sarana dan prasarana sangat penting untuk menunjang pembelajaran. Sarana prasarana merupakan dasar dari media pembelajaran yang mana media pembelajaran sangat berpengaruh pada tercapainya tujuan pembelajaran. Jika sarana prasarana kurang memadai maka pembelajaran di kelas akan kurang maksimal.
- Peserta didik kurang aktif menghidupkan kelas
Kurikulum sekolah yang digunakan sekarang ini bersifat student oriented sedangkan peserta didik di sekolah salaf relatif pasif. Hal ini akan menghambat pembelajaran di kelas.
Itulah beberapa kendala yang dihadapi oleh guru sekolah salaf. Sebenarnya tidak hanya faktor internal sekolah yang menjadi kendala, namun banyak faktor eksternal juga, seperti halnya orang tua peserta didik yang tidak memperhatikan pendidikan anaknya dan lain sebagainya. Diperlukan banyak sosialisasi kepada masyakarat akan pentingnya pendidikan untuk setiap orang.