Frank Walsh (Nicolas Cage) adalah seorang pemburu binatang liar, khususnya hewan langka dan berbahaya. Frank selalu menjual hasil buruannya kepada penawar tertinggi.
Dalam suatu perburuan Frank berhasil menangkap seekor jaguar berwarna putih salju, yang nantinya bisa mendatangk3an banyak uang baginya. Frank bersama jaguar dan beberapa hewan langka lainnya menaiki kapal yang menuju Amerika Serikat dari Puerto Rico melalui Mexico.
Tanpa diduga di pelabuhan muncul seorang pembunuh bayaran sekaligus kepala teroris Peru yakni Richard Loffler (Kevin Durand) dalam kondisi tertangkap dan dikawal ketat oleh tentara yang terbiasa mengangkut tahanan secara rahasia dibawah pimpinan John Ringer (LaMonita Garett).
Selain itu juga ada senator Amerika Serikat Paul Freed (Michael Imperioli) yang mengawal untuk memastikan Loffler harus tiba di Amerika Serikat dalam kondisi hidup dan dr. Ellen Taylor (Famke Janssen) seorang dokter ahli jiwa dari US Navy.
Loffler yang ditahan dengan pengawasan ketat dapat mengelabui penjaganya dengan pura-pura kejang, sehingga mampu mempecundangi kedua penjaganya. Loffler lalu melepaskan sebagian hewan buas milik Frank, seperti jaguar, dua ekor ular dan hewan primata.
Dan terjadilah pertemuan dan adu ulet antara pemburu yang membawa hewan tanpa dokumen resmi dengan seorang pembunuh profesional di atas kapal yang menyebabkan kekacauan, saat hewan buruan dilepas dan berkeliaran di dalam kapal.
Skenario yang dibuat oleh Richard Leder menambah seru film aksi ini, karena ketidak mampuan dr. Ellen Taylor menggunakan senjata meski dari US Navy namun sangat tekun merawat Morales dan melindungi Rafi (Jeremy Nazario), anak Morales serta kehadiran pembunuh bayaran di atas kapal yang mampu melibas orang-orang tidak berdosa.
Banyak peristiwa konyol terjadi seperti koki dapur yang terkoyak oleh orangtua hewan primata yang protektif. Frank yang masih tenang menghisap cerutu dan memberi makan hewan kesayangannya, sementara seorang pembunuh bayaran sedang berkeliaran dan membunuh satu demi satu anak buah Ringer.
Aksi peran Durand tampak lebih memukau dari Cage, Richard Loffler mampu melarikan diri dari penjagaan ketat tentara Amerika yang dipimpin John Ringer dan menampilkan peran mengagumkan sebagai seorang sakit jiwa yang dinonaktifkan oleh US Navy, tetapi justru direkrut oleh NSA.
Primal adalah kejar-kejaran bak film Tom & Jerry, tetapi disini yang berkejaran jaguar dan manusia serta pembunuh bayaran melawan manusia lainnya yang berada di kapal. Sementara terjadi kejar-kejaran antara Loffler dan pasukan Ringer, hewan buas mulai memakan korban.