Benteng Pendem dibangun pada tahun 1861 dan menjadi bekas pertahanan tentara Hindia Belanda. Maksud pembangunan benteng ini merupakan untuk menahan serangan dari laut. Hal ini juga terlihat dengan banyaknya parit yang mengelilingi benteng. Pemerintah Belanda membangun Benteng Pendem dengan luas 6,5 hektar dari tahun 1861 hingga 1879. Benteng dibuat dengan bata merah yang tertata rapi menunjukkan benteng khas Belanda.
Benteng Pendem digunakan oleh Belanda hingga tahun 1942. Kemudian, benteng dikuasai oleh Jepang sampai tahun 1945.Seperti diketahui, tidak ada peperangan besar-besaran yang teriadi di Cilacap pada masa penjajahan yang tertulis dalam sejarah. Kendati demikian, Belanda tetap membangun benteng pertahanan yang pada saat itu sangat megah dan kokoh hingga kini.
Pada waktu di renovasi pada tahun 1986 situasi benteng terlihat tertimbun dikarenakan sudah kian lebih 21 tahun. Tidak dipakai serta memanglah letak benteng dibawah permukaan tanah, melalui pemerintah tempat benteng pendem dipugar dan dibuka untuk wisata pada tahun 1987, sampai saat ini citra dari benteng pendem jadi diantara object wisata yang perlu dikunjungi tak hanya berikan faedah edukasi untuk pengunjung lokasi serta arsitektur benteng tampak tidak sama dari benteng pertahan biasanya yang dibangun belanda.
Lokasi benteng pendem ada di ujung barat daya kota Cilacap, jalur menuju benteng ini amat gampang dibuka bila anda dikota cilacap sisi selatan tinggal mengambil jalan veteran sampai menuju jalur laut, lokasi benteng sendiri berdampingan dengan kilang pengolaan minyak pertamina unit pengolaan sisi iv yang ada sebelum saat lokasi benteng di ujung selatan.