Setidaknya ada lima ciri dalam pendidikan di pesantren. Pertama system pembelajarannya yang menggunakan kitab kuning. Seperti kita tahu kitab kuning dalam pendidikan agama islam merujuk pada kitab-kitab tradisional, mulai dari fiqh, aqidah, akhlaq / tasawuf , tata bahasa arab, hadits, tafsir, ulumul qur'an jhingga pada ilmu-ilmu sosial dan kemasyarakatam.
Ciri kedua adalah pengajar di pondok pesantren dinamakan kyai. Ketiga, tempat tinggal murid untuk belajar adalah pondok. Murid yang menggali ilmu adalah santri dan pusat pembelajaran mereka adalah masjid (meski ada beberapa kelas untuk beljar juga)
Selain lima hal di atas , yang menjadi pembeda pendidikan di pondok pesantren dan sekolah agama (sekolah regular dengan pendekatan agama Islam) adalah pengajaran Islam di pondok pesantren adalah Islam moderat sebagaimana misi yang dibawa oleh pendahulunya yaitu walisongo.
Hal itu bisa jelas terlihat pada fiqih, teologi dan tasawuf serta tafsir dan hadist yang semuanya berakar hal yang sama yaitu moderat. Sehingga pesantren-pesantren Indonesia menjadi kodel kehidupan kebangsaan Indonesia yang moderat.
Roh dari sifat moderat adalah menerima keberagaman atau yang mungkin berbeda dengan dirinya sendiri. Sehingga sifat ini adalah mampu mengakui bahwa ada yang yang selain dirinya dan identitasnya, yang seperti halnya dia harus dihormati dan dihargai. Dengan menerima perbedaan seperti ini maka dia tidak akan merasa superior atas keyakinannya itu.
Sehingga bisa dikatakan jika mondok, maka dia akan lebih pluralis dan empatif. Pembelajaran pondok pesantren menghasilkan jiwa dan sikap dewasa yang bisa menerima banyak hal dari pihak lain. Jika hasilnya sebaliknya maka ada yang salah dengan pengajaran di pondok itu.
Kondisi pengajaran dan sifat pondok pesantren yang seperti ini amat cocok dengan potret Indonesia dalam skala luas. Indonesia mengandung banyak sekali keberagaman yang harus kita terima sebagai takdir karena sejak awal keberagaman itulah yang menyatukan. Sehingga kita tak perlu bertikai karena beda keyakinan, beda suku atau etnis. Atau beda bagaimana kita menyembah Tuhan, Zat yang kita percayai.
Karena itu, layaklah UU Pondok Pesantren disahkan sebagai bagian dari kemajuan pemikiran Islam di Indonesia selain juga bagi kemajuan pendidikan di Indonesia.