Kerajaan Islam merupakan salah satu sejarah yang membentuk kebudayaan di Indonesia. Menjadi era kerajaan terakhir setelah kerajaan Hindu dan Budha, Kerajaan Islam yang ada di nusantara turut memengaruhi sejarah penyebaran Islam di negeri ini. Islam mudah diterima masyarakat karena tidak melalui jalan konfrontasi dan serangan terhadap budaya setempat, seperti budaya setempat ada yang diakomodir, ada yang dimodifikasi dengan dimasuki ruh Islam, dan jika sangat bertolak belakang dengan moral Islam akan ditolak atau dihilangkan, seperti sistem kasta di masyarakat yang merupakan warisan Hindu. Islam dengan mudah menyebar karena menggunakan cara yang elastis, penuh pengertian, dan tidak kaku.
Berbagai teori kedatangan Islam di Indonesia pun memberikan tahun-tahun yang berbeda. Namun, kejayaan Kerajaan Islam berlangsung antara abad ke-12 sampai abad ke-13. Salah satu penyebab berkembangnya kerajaan-kerajaan Islam di Indonesia adalah akibat maraknya lalu lintas perdagangan laut. Kerajaan tersebut tersebar pesat di beberapa daerah di Indonesia, seperti di Sumatra, Jawa, Maluku, dan Sulawesi. Beberapa kesultanan atau kerajaan Islam tersebut antara lain sebagai berikut:
1. Kerajaan Jeumpa (777-880 M)
Kerajaan Jeumpa merupakan kerajaan Islam pertama di nusantara yang muncul sekitar abad ke-7 Masehi dan didirikan oleh Salman Al Parsi. Penyebaran agama Islam di Kerajaan Jeumpa dipengaruhi oleh para pedagang Muslim yang berasal dari Persia. Sekitar tahun 777 Masehi, kerajaan secara sepenuhnya menjadi kerajaan bercorak Islam. Semenjak kehadiran Kerajaan Jeumpa, secara perlahan para masyarakat mulai memeluk Islam. Pusat pemerintahan Kerajaan Jeumpa adalah Kota Pelabuhan, salah satu kota persinggahan dan perdagangan strategis di pulau Sumatera. Kerajaan Jeumpa juga masuk dalam jalur perdagangan dan pelayaran yang strategis di wilayah Selat Malaka. Masa keruntuhan Jeumpa terjadi sekitar tahun 880 Masehi.
2. Kesultanan Perlak (840-1292 M)
Kesultanan Peureulak atau Kesultanan Perlak adalah kerajaan Islam di Indonesia yang berkuasa di sekitar wilayah Peureulak, Aceh Timur antara tahun 840 hingga tahun 1292. Perlak terkenal sebagai daerah penghasil kayu perlak, sebuah jenis kayu yang sangat bagus untuk pembuatan kapal sehingga daerah ini dikenal dengan nama "Negeri Perlak". Hasil alam dan posisinya yang strategis membuat Perlak berkembang sebagai pelabuhan yang maju pada abad ke-8 hingga disinggahi oleh kapal-kapal yang berasal dari berbagai negara, seperti Arab dan Persia. Pada sekitar tahun 790, naskah Idhar al-Haq mengisahkan sebuah kapal layar besar dari Teluk Kambay, Gujarat berlabuh di pelabuhan Perlak. Kapal tersebut membawa ratusan pendakwah, salah satunya ialah Sayyid Ali bin Mohammad bin Jaafar As-Sadiq. Hal ini membuat Islam semakin berkembang, terutama sebagai akibat perkawinan campur antara saudagar Muslim dengan perempuan setempat. Kerajaan Perlak bertahan selama 452 tahun yang diperintah oleh 18 orang sultan. Alasan berakhirnya masa Kerajaan Perlak karena bergabung dengan Kerajaan Samudra Pasai.
3. Kerajaan Ternate (1257 M)
Kerajaan Ternate atau Kerajaan Gapi adalah kerajaan Islam pertama di wilayah timur Indonesia, tepatnya di daerah kepulauan Maluku. Kerajaan Ternate berperan penting dalam penyebaran agama Islam nusantara terutama di wilayah timur Indonesia. Kerajaan ini berdiri pada tahun 1257 oleh Baab Mashur Malamo dan mengalami masa kejayaannya pada abad ke-16 atau sekitar tahun 1600. Kejayaan Kerajaan Ternate dikarenakan memiliki komoditas rempah-rempah yang pada masa itu paling dicari dan cukup bernilai. Selain memiliki komoditas rempah-rempah yang melimpah, Kerajaan Ternate juga memiliki kekuatan militer yang patut diperhitungkan karena banyaknya prajurit yang ada di kerajaan tersebut. Keruntuhan Kerajaan Ternate berawal ketika negara-negara barat mulai melakukan penjajahan. Meskipun sempat menang saat melawan Portugis, Kerajaan Ternate berhasil dikalahkan oleh Belanda karena memonopoli perdagangan dari Kerajaan Ternate dengan kontrak yang tidak adil dan merugikan Kerajaan Ternate. Hingga kini, Kerajaan Ternate masih memiliki struktur kepemimpinan. Di usianya yang memasuki ke-765 tahun, Kerajaan Ternate masih tetap bertahan meskipun hanya sebatas simbol budaya.
4. Kesultanan Samudera Pasai (1267-1521 M)
Kesultanan Pasai atau Samudera Darussalam atau Samudera Pasai merupakan kesultanan Islam yang terletak di pesisir pantai utara Sumatra di sekitar Kota Lhokseumawe dan Kabupaten Aceh Utara, Provinsi Aceh, Indonesia. Kesultanan ini didirikan oleh Marah Silu yang bergelar Sultan Malik as-Saleh sekitar tahun 1267. Kehidupan masyarakat Samudera Pasai diwarnai oleh agama dan kebudayaan Islam. Pemerintahannya berdasarkan ajaran Islam, rakyatnya sebagian besar memeluk agama Islam. Selama abad 13 sampai awal abad 16, Samudera Pasai menjadi pusat perdagangan internasional dengan lada sebagai salah satu komoditas ekspor utama. Samudera Pasai juga mengeluarkan mata uang sebagai alat pembayaran, salah satunya yang terbuat dari emas dikenal sebagai uang dirham. Kesultanan Pasai mengenal adanya lembaga-lembaga keagamaan, yakni qadhi dan mufti dan menjadikan Hukum Islam sebagai hukum kerajaan, baik pada bidang pidana maupun perdata. Kesultanan Pasai mengalami keruntuhan setelah serangan Portugal pada tahun 1521.
5. Kerajaan Gowa (1300-1945 M)