Pertandingan babak kedua antara Indonesia vs Jepang berlangsung dengan permainan yang cepat dengan serangan demi serangan dan saling mengumpan. Tertinggal 2 gol membuat pemain timnas harus bergerak cepat mencari peluang demi mencetak gol. Namun, permainan baru berjalan beberapa menit ada kesalahan yang dilakukan oleh penjaga gawang Indonesia.
Marteen Paes melakukan kesalahan karena melakukan tendangan yang justru bolanya mengarah tepat kepada pemain Jepang nomor punggung 5. Memanfaatkan peluang yang ada, Morita langsung melakukan shooting jarak jauh dan berhasil menciptakan gol baru. Marteen Paes gagal menangkap bola yang meluncur dengan cepat sehingga membuat Indonesia tertinggal 3 gol dari Jepang di menit ke-49.
Indonesia mendapatkan peluang bagus di menit ke-53. Namun, tendangan dari Verdonk masih melenceng di sisi gawang sehingga belum berhasil mencetak gol. Permainan masih terus berlanjut dengan cepat dan terus menyerang.
Meskipun sudah tertinggal 3 gol, para pemain timnas Indonesia tidak putus asa atau mengendorkan serangan kepada lawan. Pergantian pemain mulai dilakukan baik oleh pelatih Indonesia maupun Jepang. Pada menit ke-61, Pratama Arhan masuk menggantikan Yance Sayuri.
Memanfaatkan kesempatan dengan lemparan ke dalam oleh Arhan, beberapa peluang masih belum bisa membuahkan gol. Para pemain Jepang yang semakin nyaman justru berhasil mengambil peluang melalui pemain bernomor punggung 2.
Sugawara berhasil mencetak gol dari sisi gawang dan membuat bola gagal ditangkap oleh Marteen Paes pada menit ke-68. Akibatnya Indonesia semakin tertinggal dari Jepang. Gol ke-4 Jepang semakin membuat permainan berlanjut dengan cepat.
Para pemain Indonesia berpacu dengan waktu demi mencetak gol pertama melawan Jepang. Pada menit ke-72 tendangan Arhan yang mengarah tepat ke tengah gawang Jepang membuat kiper Jepang bisa menangkap bola dengan mudah.
Gawang Jepang masih belum bisa dibobol oleh pemain Indonesia. Beberapa peluang justru dimiliki oleh pemain Jepang dan Marteen Paes berkerja keras menyelamatkan gawang Indonesia agar tidak kebobolan semakin banyak. Penyelamatan kembali dilakukan oleh Marteen Paes pada menit ke-89 dari tendangan jarak jauh di depan kotak penalti sehingga membuat Jepang belum mampu menambah gol lagi.
Tambahan waktu sebanyak 4 menit pada babak kedua masih diwarnai peluang yang dimiliki oleh para pemain Jepang. Tendangan penjuru dari pemain nomor punggung 14 belum berbuah gol. Permainan masih berpusat di depan gawang timnas Indonesia.
Serangan demi serangan masih terus dilakukan oleh skuad Garuda meski tak lama kemudian bola berhasil kembali berada di area pertahanan timnas Indonesia.
Di akhir babak kedua para pemain lebih banyak mempertahankan daerah gawang. Peluang terakhir gagal dimanfaatkan oleh Arhan sehingga Indonesia kalah oleh Jepang dengan skor 0-4.