Madrasah merupakan isim makna dari kata darasa yang artinya tempat duduk untuk belajar, dalam konteks Indonesia madrasah merupakan sekolah formal atau perguruan dibawah arahan Kementrian Agama, tetapi tidak dengan sejarahnya, kemudian bagaimana dengan Sejarah Lembaga Pendidikan Islam?
Madrasah sebagai Lembaga Pendidikan islam mulai didirikan dan berkembang di dunia Islam sekitar 13 ketika para Walisongon datang ke Indonesia, banyak teori yang berpendapat tentang Sejarah munculnya madrasah di Indonesia tetapi sangat sulit dipastikan kapan istilah madrasah digunakan sebagai salah satu jenis Pendidikan islam di indoensia. Nah Awal mucul adanya agaman di Indonesia yaitu Budha dan Hindu, tapi mengapa sekarang yang menjadi agam priorotas di Indonesia justru Islam bukan Bunda dan Hindu? Karena dulunya India datang ke Indonesia dengan mayoritas agamanya Islam dari pada Indonesia tapi akhirnya balik lagi menjadi Hindu dan Budha keran tidak adanya Tahlil dan Majelis ta'lim
Berdasarkan bentuk dan sistemnya pesantren juga berasal dari india, pondok pesantren memiliki kata mejemuk yang terdiri dari kata pondok dan pesantren, pondok dalam Bahasa funduk berarti tempat singgah, sedangkan pesantren adalah Lembaga pendiidkan silam yang didalamnya terlaksanakan pembelajaran yang tidak hanya dalam bentuk klasikal saja. Dalam Sejarahnya pondok pesantren bermula dari seorang kiyai yang menetap atau bermukim, kemudian datanglah santri yang ingin belajar kepadanya sehingga turut bermukim ditempat itu juga. Setelah indonsia Merdeka pesantren banyak menyumbangkan tokoh-tokoh penting dalam pemerintahan Indonesia. Pesantren juga menjadi titik awal mula hadirnya Pendidikan islam di Indonesia, para Alumni nya pun yang membangun dan menyebarkan Madrasah Diniyah. Didalam pesantren terdapat 5 unsur didalamnya, yakni:
1. Kiyai.
2. Santri yang mukim.
3. Masjid/Musholla untuk beribadah dan sebagai tempat Ngaji.
4. Asrama / Pondokan.
5. Ngaji kitab Kuning.
Sekolah di Indonesia awal dibangunnya oleh Belanda, kemudian lahirlah dua organisasi setelahnya yaitu ada Muhammadiyah yang lahir pada tahun 1912 dan Nahdatul Ulama yang lahir pada tahun 1926. Muhammadiyah dan NU memiliki strategi yang berbeda, Muhammadiyah strategi yang digunakannya adalah kooperatif dalam Pendidikan dengan bekerja sama dengan belanda supaya yang diajarkan dalam sekolah diajarkan pula agama islamnya. Sedangkan NU strategi yang digunakannya yaitu nonkooperatif dalam Pendidikan sehingga berdirilah Pesantrendan Madrasah Diniyah.
Pada tahun 1975 keluarlah sebuah surat keputusan 3 menteri (sekolah), (madrasah: sekolah dan madrasah diniyah), yang berisi bahwa madrasah-madrasah diniyah diakui dan disetarakan seperti sekolah
Namun tetap ada perbedaan dari Madrasah dan Sekolah, seperti yang sudah kita ketahui Bersama MI setara dengan SD, MTS setara dengan SMP, dan MA setara dengan SMA, dari kurikulum yang diajarkan nya pun berbeda bisa dilihat dari Mata Pelajaran yang diajarkan di SD, SMP, dan SMA ternyata diajarkan semua di MI, MTS, dan MA. Tapi belum tentu yang diajarkan di madrasah di ajarkan di SD, SMP, dan SMA. Dilihat dari mata Pelajaran Agama yang diajarkannya, jika di Madrasah terdapat lima Pelajaran islam seperti Al-Qur'an Haidst, Akidah Akhlak, Fiqih, Bahasa Arab, dan Sejarah Kebudayaan Islam. Tetapi jika di SD,SMP, dan SMA kelima Pelajaran islam tersebut digabungkan semua dalam satu mata Pelajaran yang biasa dikenal dengan Pendidikan Agama Islam, jadi agama yang diajarkannya pun hanya seminggu sekali dengan waktu 2 jam Pelajaran (JPL)