Pasca Presiden Soeharto mengundurkan diri pada tahun 1998, yang sekaligus juga menandai tumbangnya Orde Baru, ternyata memberi dampak pada sejarah peristiwa G30S.
Pada perkembangannya, banyak pihak yang unjuk bicara dan keluar kepermukaan justru memberikan kekaburan peristiwa G30S, melalui serangkaian pertemuan, diskusi dan seminar dengan topik bahasan peristiwa G30S.
Termasuk juga terbitnya buku-buku terkait peristiwa G30S seperti, Palu Arit di Ladang Tebu (2000), Robert Cribb, Pembunuhan Massal di Jawa-Bali 1965/1966 (2003), Aminuddin Kasdi, Kaum Merah Menjarah (2001), dan sebagainya.
Seiring itu juga, pada akhirnya muncul berbagai versi peristiwa G30S, termasuk berbagai versi terkait dalang peristiwa tersebut.
Ada versi bahwa dalang peristiwa G30S itu tunggal, yaitu dilakukan oleh PKI sendiri, ada versi dalangnya adalah klik Angkatan Darat, ada versi dalangnya adalah Soekarno, ada versi dalangnya adalah Soeharto, dan ada versi dalangnya adalah CIA, termasuk versi konspirasi diantara versi-versi yang telah disebutkan.
Seperti pada penjabaran di bawah ini;
1. Versi bahwa PKI dan DN. Aidit adalah dalang peristiwa G30S.
Berdasar buku Departemen Pertahanan, "40 Hari Kegagalan 'G-30-S'" (1965), analisisnya mengarah kepada PKI termasuk DN. Aidit dkk sebagai pelaku, lalu Tahun 1994 ada terbitan Buku Putih, Gerakan 30 September, Pemberontakan Partai Komunis Indonesia.
2. Versi peristiwa G30S adalah Klik Angkatan Darat.
Diterbitkan oleh Ilmuwan Cornell University, AS, Benedict R. Anderson dan Ruth Mc. Vey menulis A Preliminary Analysis of the October 1, 1965 : Coup in Indonesia (1971), yang kemudian dikenal sebagai Cornell Paper. Menurut mereka, gerakan 30 September adalah puncak konflik intern di tubuh Angkatan Darat.