Taman Nasional Wakatobi memiliki potensi sumberdaya alam laut yang bernilai tinggi baik jenis dan keunikannya, dengan panorama bawah laut yang menakjubkan. Secara umum perairan lautnya mempunyai konfigurasi dari mulai datar sampai melandai kearah laut, dan beberapa daerah perairan terdapat yang bertubir curam. Kedalaman airnya bervariasi, bagian terdalam mencapai 1.044 meter dengan dasar perairan sebagian besar berpasir dan berkarang.
Kekayaan jenis ikan yang dimiliki taman nasional ini sebanyak 93 jenis ikan konsumsi perdagangan dan ikan hias diantaranya argus bintik (Cephalopholus argus), takhasang (Naso unicornis), pogo-pogo (Balistoides viridescens), napoleon (Cheilinus undulatus), ikan merah (Lutjanus biguttatus), baronang (Siganus guttatus), Amphiprion melanopus, Chaetodon specullum, Chelmon rostratus, Heniochus acuminatus, Lutjanus monostigma, Caesio caerularea, dan lain-lain.
Di Wakatobi ini banyak sekali wisatawan yang berkunjung, karena pulau ini masih sepi sekali. Dan di Wakatobi kita sangat puas memandangi biota laut karena airnya masih jernih sekali. Dengan Diving (menyelam dalam laut) kita bisa melihat ikan-ikan dan biota laut lainnya .
Masyarakat asli yang tinggal di sekitar taman nasional yaitu suku laut atau yang disebut suku Bajau. Menurut catatan Cina kuno dan para penjelajah Eropa, menyebutkan bahwa manusia berperahu adalah manusia yang mampu menjelajahi Kepulauan Merqui, Johor, Singapura, Sulawesi, dan Kepulauan Sulu. Dari keseluruhan manusia berperahu di Asia Tenggara yang masih mempunyai kebudayaan berperahu tradisional adalah suku Bajau. Melihat kehidupan mereka sehari-hari merupakan hal yang menarik dan unik, terutama penyelaman ke dasar laut tanpa peralatan untuk menombak ikan.
Pulau Hoga (Resort Kaledupa), Pulau Binongko (Resort Binongko) dan Resort Tamia merupakan lokasi yang menarik dikunjungi terutama untuk kegiatan menyelam, snorkeling, wisata bahari, berenang, berkemah, dan wisata budaya.
