Kelimutu merupakan nama dari sebuah gunung di pulau Flores, NTT. Tepatnya di Desa Pemo, Kecamatan Kelimutu, Kabupaten Ende. Gunung Kelimutu (1690 mdpl) merupakan sebuah Gunung yang berada di dalam kawasan konservasi Taman Nasional Kelimutu. Dengan luas 5.356,50 hektare, kawasan konservasi ini menjadi Taman Nasional terkecil dari 54 Taman Naional yang ada di Indonesia.
Di kawasan TN Kelimutu sendiri terdapat 2 gunung lainnya selain gunung Kelimutu, yaitu Gunung Kelido (1641 mdpl) dan gunung Kelibara (1731 mdpl). Ketiga gunung tersebut hingga kini masih menyandang status sebagai gunung api aktif. Gunung Kelimutu sebagai kerucut tertua dari ketiganya hingga kini masih memperlihatkan aktivitas vulkaniknya.
Di kawasan TN Kelimutu terdapat 3 danau vulkanik dengan warna yang berbeda. ketiga danau vulkanik ini yang sekiranya menjadi pesona daya tarik dari TN Kelimutu. ketiganya kita kenal dengan sebutan danau tiga warna.
ketiga warna di danau Kelimutu memiliki arti sendiri bagi penduduk setempat. Danau berwarna biru atau disebut juga "Tiwu Nuwa Muri Ko,ofai" dipercayai sebagai tempat berkumpulnya arwah atau jiwa-jiwa dari muda-mudi yang telah meninggal. Danau berwarna merah atau "Tiwu Ata Polo" dipercayai sebagai tempat berkumpulnya jiwa-jiwa orang yang telah meninggal, yang selama hidupnya kerap kali melakukan kejahatan/tenung. Dan yang terakhir danau berwarna putih atau "Tiwu Ata Mbupu" dipercayai sebagai tenpat berkumpulnya jiwa-jiwa orang tua yang telah meninggal.
walaupun demikian, ketiga danau tersebut tidak lantas hanya tetap berwarna biru, merah, maupun putih saja. Dari tahun ke tahun, ketiga danau tersebut sudah pernah mengalami perubahan warna bahkan lebih dari sekali.
Pada tahun 1915, ketiga danau tersebut masing-masing berwarna merah, biru dan putih. Sedangkan pada tahun 1961 tercatat ketiga danau tersebut berubah warna menjadi merah, hijau, biru. Data terakhir pada tahun 2018 kemarin, warna danau kelimutu terdiri dari biru, biru dan hijau gelap.
Dari ketiga danau tersebut, Tiwu Ata Polo merupakan danau yang paling sering mengalami perubahan warna. Umumnya danau ini terlihat berwarna hijau, akan tetapi menurut catatan bahwa danau ini pernah berubah warna menjadi hitam, putih, hingga merah. Yang berikut Tiwu Nua Muri Ko'ofai. Danau ini merupakan danau yang paling jarang berubah warna. Umumnya danau ini berwarna hijau kebiruan/tosca. Danau ini tercatat pernah berwarnah hijau tua, biru, abu-abu, hingga putih. Yang terakhir Tiwu Ata Mbupu. terletak agak jauh dari kedua danau yang lain, danau ini pada umumnya berwarna hijau tua/kecoklatan. Akan tetapi danau ini juga tercatat pernah berubah warna menjadi biru, abu-abu, hingga putih.
Perubahan warna pada danau Kelimutu dipengaruhi oleh aktivitas vukanis di kawasan tersebut. Terdapat aktivitas vulkanis yang mendorong gas-gas di dalam bumi hingga keluar ke permukaan, gas-gas tersebut kemudian bereaksi dan bercampur di danau dan mengakibatkan perubahan warna pada air danau. Para Ilmuwan dari Wesleyan University, Connectitut, melakukan survei geokimia pada danau dan menemukan bahwa air disetiap danau ditemukan berbeda secara kimia sehingga menghasilkan warna yang bervariasi.
Danau Ata Mbupu atau Tiwu Ata Mbupu merupakan danau vulkanik sulfat-asam yang lebih aktif pada tahun 1970-an ketimbang sekarang, sedangkan danau Ata Polo atau Tiwu Ata Polo merupakan danau asam-garam dan bersifat intermediate dalam aktivitas vulkanik. Perubahan warna yang sering terjadi diakibatkan perubahan pada keadaan oksidasi air. Ketika air kekurangan oksigen, maka akan cenderung terlihat berwarna hijau, begitu pula ketika air kaya akan oksigen, maka air akan terlihat berwarna merah atau kehitam-hitaman.
Berdasarkan catatan yang ada, perubahan warna air danau paling mencolok terjadi pada Desember 2018 hingga Januari 2019. Dimana selama rentang waktu itu, danau Ata Polo mengalami perubahan dari hijau menjadi hitam selama 3 minggu.
Terlepas dari penjelasan mengenai perubahan warna danau diatas, ada pula mitos yang beredar di daerah setempat mengenai perubahan warna danau Kelimutu. Ada yang mengatakan bahwa perubahan warna tesebut tergantung dari suasana politik di Indonesia. Konon katanya apabila suasana politik dalam negeri sedang baik-baik saja maka warna danau akan menjai biru, sedangkan apabilah suasana politik sedang panas-panasnya maka warna danau akan menjadi berwarna merah. Ada juga yang mengatakan bahwa perubahan warna pada danau merupakan pertanda akan terjadinya bencana atau musibah, seperti gempa bumi dahsyat yang melanda Pulau Flores pada tahun 1992 silam.