Pondok pesantren dapat disebut sebagai lembaga pendidikan yang khas Nusantara. Meski lembaga pendidikan serupa dapat ditemui di bebera negara Muslim, namun lembaga pendidikan Islam ini memiliki keunikan sendiri.
Dalam sejarah perjuangan melawan penjajahan, pondok pesantren memainkan peran signifikan dalam memobilisasi masyarakat dengan memanfaatkan sentiment-sentimen agama. Sebab itu, banyak pemberontakan terhadap kekuasaan penjajah berasal dari pondok pesantren.
Setelah Indonesia merdeka, peran pondok pesantren bukan tertutup sebaliknya semakin signifikan dalam mengisi kemerdekaan. Menurut Sudirman Said, kontribusi pondok pesantren sangat besar dalam memabangun jiwa bangsa melalui pendidikan dan penyebaran nilai-nilai luhur agama. Oleh sebab itu, bagi Sudirman Said, posisi pondok pesantren sangat signifikan dalam sejarah perjalangan bangsa Indonesia, dan akan terus berperan penting pada kemajuan bangsa di masa-masa mendatang. Pondok pesantren memang berhasil meletakkan posisi mereka dalam setiap konteks yang berbeda, baik sebelum maupun sesudah lahirnya Indonesia.
Sayangnya, pondok pesantren belum mendapatkan perhatian yang layak dari pemerintah. Pondok pesantren masih dianggap sebagai lembaga pendidikan swasta yang dengan demikian keterlibatan pemerintah di dalamnya tidak sebesar lembaga-lembaga pendidikan negeri. Padahal, sejak ide-ide Indonesia merdeka pun belum tumbuh, pondok pesantren sudah menunjukkan peran penting mereka dalam melawan kezaliman penjajahan, mendidik masyarakat, dan membangun bangsa. Sebab itu, banyak sekali pahlawan nasional kita yang berasal dari para kyai dan alim ulama.
Hal ini Sudirman Said renungkan dalam setiap aktivitas blusukannya akhir-akhir ini di berbagai pelosok di Jawa Tengah. Dia melihat munculnya paradoks tersebut. Dia menganggap pondok pesantren belum mendapat sentuhan lebih baik, padahal kontribusi pondok pesantren sangat besar (www.merdeka.com).
Oleh sebab itu, Sudirman Said berharap, siapa pun gubernur yang terpilih di kontestasi Pilgub Jawa Tengah pada 2018 mendatang, mereka harus lebih memperhatikan pondok pesantren. Perhatian tersebut dapat melalui regulasi, maupun bantuan sarana-prasarana, pendidikan bagi para guru, pembangunan ruang kelas, asrama, tempat ibadah, dan lain sebagainya.
Bagi Sudirman Said, cara pemerintah menghargai dan menghormati ummat Islam harus ditunjukkan dengan memperhatikan lembaga-lembaga ummat Islam, salah satunya adalah pondok pesantren. Peran ummat Islam dan pondok pesantren tidak boleh dipinggir dalam sejarah bangsa Indonesia, dan karena itu, kedua elemen tersebut harus mendapat perhatian semestinya oleh para pemangku kepentingan.
