Jika merunut ke belakang, kasus yang seharusnya tidak boleh terjadi di Kementerian Agama sudah terulang sekian kali. Salah satunya adalah proyek pengadaan barang-barang untuk Madrasah Aliyah dan Madrasah Tsanawiyah pada tahun 2010.
Proyek Aliyah sebesar Rp 44 miliar dan proyek Tsanawiyah sebesar Rp 27,5 miliar, oleh Rijal Roihan, yang diangkat sebagai panitia pengadaan barang oleh Kementerian Agama (dalam hal ini Direktorat Pendidikan Madrasah, Direktorat Jenderal Pendidikan Islam) ditunjuk Permai Grup sebagai perusahaan yang menyuplai barang-barang itu. Permai Grup merupakan milik dari Bendahara Partai Demokrat, M Nazaruddin.
Namun telunjuk Rijal Roihan yang memilih Permai Grup untuk menyuplai barang-barang dilakukan setelah seorang pegawai Permai Grup, yaitu Mindo Rosalina memberikan hadiah kepada beberapa petinggi Kemenag supaya proyek itu dikerjakan oleh Permai Grup.
Proyek pun dikerjakan oleh Permai Grup.
M Nazaruddin yang merugikan negara Rp 17,9 miliar ditangkap KPK. Rijal Roihan dibui empat tahun.
Menteri Agama periode 2007-2011, Suryadharma Ali harus mendekam di balik jeruji besi selama 10 tahun karena mempermainkan dana haji 2012-2013.
Sebelum kasus Suryadharma Ali, Zulkarnain (seorang anggota DPR) mendapat hukuman 15 tahun penjara, dan anaknya, Dendy, dipenjara 8 tahun. Ayah dan anak terjerat kasus pengadaan Al Qur'an.
Bukan hanya di tingkat atas, tingkat bawah Kemenag juga dirong-rong.
Semenjak bulan Mei 2008 sampai 2011, Lilik Handayani, seorang kasir di koperasi Kantor Kemenag Sidoarjo, Jawa Timur, mencuri uang hingga Rp 3,3 miliar.
Uang sebesar itu, berasal dari bantuan dari Kementerian Koperasi dan UKM dengan maksud agar Pegawai Negeri Sipil Kemenag yang akan meminjam uang harus mengajukan kepada kantor koperasi dimana Lilik bekerja sebagai kasir.
Lilik pun menyesal dan mempertanggungkan perbuatannya dengan hukuman 4 tahun bui dan denda Rp 150 juta.