Agama tidak terpisah dengan negara, hal ini disebabkan agama juga mengatur segala aspek politik dan kenegaraan. Agama mengatur seluruh aspek kehidupan melalui negara yang terwujud dalam konstitusi dan undang-undang yang mengatur kehidupan bernegara dan bermasyarakat. Hubungan negara dan agama sangat erat, apalagi dalam pandangan Islam hubungan ini harus didasarkan pada akidah Islamiyah. Karena agama tanpa negara tidak akan dapat terwujud secara sempurna dalam kehidupan.
Ada salah satu paham yang menggambarkan hubungan negara dan agama seperti dua hal yang tidak dapat dipisahkan antara satu dengan yang lain yaitu paham Teokrasi. Negara menyatu dengan agama, karena dalam segala tata kehidupan masyarakat, bangsa dan negara menurut paham ini dijalankan berdasarkan firman Tuhan. Dengan begitu urusan kenegaraan dalam paham teokrasi juga diyakinkan sebagai manifestasi Tuhan.
Namun hal itu bukan berarti bahwa Indonesia merupakan negara teokrasi. Hubungan yang terjalin antara negara dan agama di Indonesia ialah hubungan yang bersifat saling menguntungkan. Dimana agama memberikan kerohanian yang dalam dan negara menjamin kehidupan keagamaan. Penataan hubungan antara agama dan negara juga bisa dibangun atas dasar saling mengontrol dan mengimbangi.
Kecenderungan negara untuk berkuasa sehingga mudah terjerumus bertindak represif atau menekan terhadap warga negaranya. Hal tersebut harus dikontrol dan diimbangi oleh nilai ajaran agama yang mengutamakan menebarkan Rahmat bagi seluruh penghuni alam semesta dengan menjunjung tinggi Hak Asasi Manusia. Sementara disisi lain, terbukanya kemungkinan agama disalahgunakan sebagai sumber dan landasan juga harus dikontrol dan diimbangi oleh peraturan dan norma kehidupan kemasyarakatan yang demokratis yang dijamin dan dilindungi negara.