Madrasah adalah lembaga pendidikan Islam yang menyediakan pendidikan formal dengan kurikulum yang integritas antara ilmu pengetahuan umum dan agama Islam (UU No. 20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional). Terdapat empat jenjang madrasah, yaitu Madrasah Ibtidaiyyah (MI) setingkat SD, Madrasah Tsanawiyyah (MTs) setingkat SMP, Madrasah Aliyah (MA) setingkat SMA dan Madrasah Aliyah Program Khusus (MAK) setingkat SMK, yaitu MAK Keagamaan dan MAK Ketrampilan.
Dalam perkembangan pendidikan di negeri ini, madrasah memberikan sumbangsih cukup besar. Perkembangan madrasah sangat pesat, baik secara kuantitas ataupun kualitas. Pada akhir tahun 2023, jumlah madrasah di Indonesia mencapai 86.608 lembaga terdiri dari Raudlatul Athfal (RA) sejumlah 31.055, MI berjumlah 26.528, MTs 19.177 dan MA 9.848. berdasarkan status, jumlah madrasah negeri adalah 4.046 (7,3%) sedangkan madrasah swasta adalah 51.507 (92,7%). Jumlah terbanyak berada di Provinsi Jawa Timur mencapai 21.166 madrasah. Berbicara kualitas, madrasah menorehkan berbagai prestasi baik akademik maupun non akademik. Tercatat, peraih medali Olimpiade Siswa Nasional (OSN) terbanyak selama 3 tahun terakhir adalah MAN 2 kota Malang, Jawa Timur.
Berbagai upaya dilakukan untuk meningkatkan kemajuan pendidikan madrasah di tingkat MI, MTs dan MA, salah satunya Madrasah Terpadu. Madrasah terpadu di Jepara diinisiasi oleh MIN 2 Jepara, MTs N 1 Jepara dan MAN 1 Jepara pada tanggal 26 Maret 2021 melalui nota kesepahaman (MoU). Keinginan menyelaraskan pendidikan antara MIN, MTs N dan MAN karena kedekatan lokasi, sama-sama terletak di desa Bawu Batealit Jepara. Selain itu, sebagian besar siswa MAN 1 Jepara berasal dari MTs N 1 Jepara dan siswa MTs N 1 Jepara berasal dari MIN 2 Jepara
Program madrasah terpadu meliputi bidang akademik dan non akademik, diantaranya:
1. Riset
2. Pengembangan bahasa Inggris
3. Kesenian
4. Esktra kurikuler olah raga (basket, Voli, futsal)
5. Penerimaan Peserta Didik Baru (PPDB)
6. Program tahfiz
Di bidang riset misalnya, terdapat kerja sama pembimbingan riset dari MAN 1 Jepara ke MTs N 1 Jepara dan MIN 2 Jepara. Demikian juga dengan PPDB, siswa MIN 2 Jepara dapat masuk ke MTs N 1 Jepara, atau MTs N 1 Jepara ke MAN 1 Jepara melalui jalur terpadu.