Kepulauan Sipadan dan Ligitan adalah dua pulau yang terletak di wilayah tengah Indonesia tepatnya di Selat Makassar. Pulau Sipadan memiliki luas 50.000 meter demgan letak koordinat: 4652,86LU 1183743,52BT dan pulau Ligitan memiliki luas: 18.000 meter dengan letak koordinat: 49LU 11853BT. Sengketa Pulau Sipadan dan Ligitan muncul pertama kali pada perundingan mengenai batas landas kontinen antara Indonesia dan Malaysia di Kuala Lumpur pada tanggal 9-12 September 1969. Hasil Kesepakatan: kedua pihak agar menahan diri untuk tidak melakukan kegiatan-kegiatan yang menyangkut kedua pulau itu sampai penyelesaian sengketa.
Setelah sekian tahun berlalu, perundingan berakhir pada jalan buntu, karena baik Indonesia yang bertahan pada posisi dan argumentasi bahwa kedua pulau tersebut telah menjadi bagian wilayahnya sejak masa penjajahan Belanda, maupun Malaysia yang juga meyakini kedaulatannya atas pulau-pulau tersebut sejak masa colonial Inggris, tetap bertahan pada posisi masing-masing. Pada 1997 kedua belah pihak sepakat menempuh jalan hukum yaitu dengan menyerahkan sengketa tersebut kepada Mahkamah Internasional.
Pada tahun 1998 masalah sengketa Sipadan dan Ligitan dibawa ke ICJ, kemudian pada hari Selasa 17 Desember 2002 ICJ mengeluarkan keputusan tentang kasus sengketa kedaulatan Pulau Sipadan-Ligitan antara Indonesia dengan Malaysia. Hasilnya, dalam voting di lembaga itu, Malaysia dimenangkan oleh 16 hakim, sementara hanya 1 orang yang berpihak kepada Indonesia. Dari 17 hakim itu, 15 merupakan hakim tetap dari MI, sementara satu hakim merupakan pilihan Malaysia dan satu lagi dipilih oleh Indonesia.
Kemenangan Malaysia, oleh karena berdasarkan pertimbangan effectivity (tanpa memutuskan pada pertanyaan dari perairan teritorial dan batas-batas maritim), yaitu pemerintah Inggris (penjajah Malaysia) telah melakukan tindakan administratif secara nyata berupa penerbitan ordonansi perlindungan satwa burung, pungutan pajak terhadap pengumpulan telur penyu sejak tahun 1930, dan operasi mercu suar sejak 1960-an. Sementara itu, kegiatan pariwisata yang dilakukan Malaysia tidak menjadi pertimbangan, serta penolakan berdasarkan chain of title (rangkaian kepemilikan dari Sultan Sulu) akan tetapi gagal dalam menentukan batas di perbatasan laut antara Malaysia dan Indonesia di selat Makassar.
Hal ini harusnya menjadi perhatian khusus pemerintah, karena dengan lepasnya pulau Sipadan dan Ligitan membuat wilayah territorial Indonesia menjadi semakin kecil dan masih sangat banyak pulau-pulau kecil di Indonesia yang masih belum menjadi fokus pemerintah maka bukan tidak mungkin kasus seperti ini akan terulang kembali.
