Pada tanggal 28 Mei 2022, PT KAI Commuter Indonesia memberlakukan switch over (SO) ke-5 Stasiun Manggarai, hal ini terjadi sejumlah perubahan diantaranya mengubah pola operasi jalur Bogor, Bekasi, Depok, dan Cikarang, perubahan jadwal perjalanan kereta, dan perubahan rekayasa lalu lintas kereta api.
Kegiatan switch over ini dilakukan untuk menata dan mengkondisikan jalur kereta api sehingga pembangunan Stasiun Manggarai dapat dilaksanakan dan selesai sesuai jadwalnya.
Adapun tujuan dari kegiatan SO 5 Stasiun Manggarai ini adalah, menurut Direktur Utama KAI, Didiek Hartantyo mengatakan bahwa switch over ke-5 bertujuan untuk mengoptimalkan pelayanan Kereta Api di Stasiun Manggarai yaitu perjalanan KA Jarak Jauh, KRL Commuter Line, dan KA Bandara sehingga nantinya Stasiun Manggarai akan menjadi Stasiun Sentral.
Tak hanya itu saja kegiatan ini dilakukan untuk menata dan mengkondisikan jalur kereta api sehingga pembangunan di Stasiun Manggarai bisa selesai sesuai dengan jadwalnya.
Adapun rincian perubahan dampak dari pemberlakuan SO 5 ini :
1. KRL Tujuan dari/ke Bogor/Nambo hanya melayani tujuan Jakarta Kota saja tidak lagi melayani Bogor -- Angke dan Bogor -- Jatinegara.
2. KRL lintas Bekasi/Cikarang terbagi menjadi dua yaitu (pola A dan B) . (Rute pola A: Cikarang/Bekasi -- Jatinegara -- Manggarai -Kampung Bandan -- Pasar senen -- Jatinegara -- Bekasi/Cikarang) yang disebut full racket loop. Sedangkan. rute pola B memutar dari arah sebaliknya yaitu dari Cikarang/Bekasi -- Jatinegara -- Pasar senen - Kampung Bandan -- Manggarai -- Jatinegara --Bekasi/Cikarang.
Sementara itu, bertambah satu rute lagi yang hanya setengah memutar (half racket loop) yaitu dengan tujuan Cikarang/Bekasi --Jatinegara -- Manggarai- Tanah Abang - Angke (PP).
3 . Jalur 10,11,12,dan 13 melayani tujuan Bogor/Nambo -- Jakarta Kota PP
4.Jalur 6,7,dan 8 melayani tujuan Bekasi, Cikarang, Angke, dan Kampung Bandan