Seringkali banyak perbedaan pandangan mengenai negara dan agama. Seakan keduanya mempunyai dinding pembatas yang tidak bisa disatukan. Bahkan pandangan yang lebih ekstrim menganggap bahwa agama dan negara harus bersatu dalam "negara-agama" yang secara tidak langsung telah menolak perbedaan dan mengekslusifkan diri. Di Indonesia sendiri gerakan separatis pernah muncul dari kelompok agama ekstrimis yang ingin mengubah NKRI menjadi negara Islam. Sebut saja DI/TII dan Hizbut Tahrir.
Tentunya ketika terjadi separatisme antara agama dan negara, maka akan terjadi konflik dan pertentangan. Secara langsung juga menyalahi dari kodrat agama yang membawa kedamaian dan kemaslahatan untuk manusia. Sehingga seluruh warga negara harus menyadari bahwa di negara dan agama memiliki hubungan erat yang saling membutuhkan satu sama lain.
Negara, sebagaimana dirumuskan dalam kamus Bahasa Indonesia memiliki dua pengertian. Pertama, organisasi di suatu wilayah yang mempunyai kekuasaan tertinggi yang sah dan ditaati oleh rakyat; Kedua, kelompok sosial yang menduduki wilayah atau daerah tertentu yang diorganisir di bawah lembaga politik dan pemerintah yang efektif. Secara terminologi negara diartikan sebagai organisasi tertinggi di antara satu kelompok masyarakat yang memiliki cita-cita untuk bersatu, hidup di dalam suatu kawasan, dan mempunyai pemerintahan yang berdaulat.
Sedangkan agama merupakan tata cara yang mengatur peribadahan manusia kepada Tuhan, serta tata cara yang mengatur hubungan manusia dengan manusia yang lain serta manusia dengan lingkungannya, yang merupakan bagian dari makhluk ciptaan Tuhan. Atau dengan kata lain agama merupakan falsafah hidup yang mengatur hubungan antara manusia dengan Tuhan dan antara manusia dengan sesama makhluk dan lingkungannya. Seringkali konsep agama yang kedua yaitu hubungan antar sesama ini dilupakan sehingga yang paling menonjol hanya masalah Ketuhanan saja.
Jika negara adalah organisasi tertinggi yang mengatur suatu kelompok masyarakat maka yang diwujudkan dalam suatu lembaga pemerintahan. Maka sesungguhnya agama pun menjadi pedoman hidup yang mengatur suatu kelompok masyarakat di dalam negara yang diwujudkan dalam ajaran-ajarannya. Sekilas memang terdapat perbedaan yang sangat jelas antara negara dan agama namun keduanya memiliki hubungan timbal balik yang erat.
Masyarakat di dalam suatu negara memiliki keyakinan berTuhan dan memeluk agama sebagai pedoman hidup mereka. Fungsi negara adalah melindungi hak-hak warga negara termasuk hak beragama. Warga negara berhak mendapatkan perlindungan dari negara untuk beribadah dan menjalankan ketaatan terhadap agama.
Lalu, bagaimana jika Indonesia ingin diubah menjadi "negara-agama" ? Sudah pasti akan terjadi pertentangan yang luar biasa dari banyak arah. Mengingat bahwa bangsa ini lahir bukan hanya di tangan kelompok agama tertentu, tetapi merupakan pencapaian bersama dari wujud kesatuan dan persatuan sebagai bangsa. Kita berasal dari berbagai keragaman termasuk juga keragaman agama tentu saja tidak sesuai dengan cita-cita bangsa ini jika kita harus mengganti falsafah pancasila menjadi bentuk yang lain.
Yang perlu kita lakukan adalah mengembalikan rasa toleransi terhadap perbedaan yang kaya di negara ini. Agama adalah suatu yang wajib kita yakini dan jalankan sebagai pemeluknya. Negara adalah lembaga yang didalamnya terdapat pemimpin yang melindungi dan menentukan arah kehidupan bangsa dan rakyatnya untuk menapai tujuan bersama. Maka dapat disimpulkan bahwa agama dan negara tidak dapat dipisahkan melainkan memiliki hubungan timbal balik.