Apabila kita menelusuri lebih jauh, maka sebenarnya zakat di Indonesia telah lama ada. Menurut catatan kuno dari Denys Lombard dalam Silang Budaya menjelaskan mengenai zakat sebagai daya tarik dakwah, didasari pada kondisi muslim yang minoritas ketika masuknya Islam di Nusantara. Pada zaman kerajaan Islam Nusantara yakni di abad 13, banyak kerajaan yang mendorong rakyatnya untuk membayar zakat, namun kerajaan tidak turun tangan langsung dalam mengelola zakat. Sekitar tahun 1830, pemerintah kolonial tidak ikut campur tangan dan tidak melarang mengenai urusan zakat, karena bagi mereka hal tersebut atas dasar agama dan merupakan tanggung jawab individu yang tidak ada urusannya denngan pemerintah.
Pasca kemerdekaan, pada tanggal 26 Oktober di tahun 1968, Presiden kedua Indonesia yakni Soeharto menyerukan zakat pada peringatan Isra Mi’raj di Istana Merdeka. Oleh karena itu muncullah lembaga resmi pertama yang bertanggung jawab terhadap zakat yakni BAZIS atau Badan Amil Zakat, Infak, dan Sedekah berpusat di Jakarta. Dalam mengembangkan kehadiran zakat di Indonesia maka Menteri Agama mengeluarkan Instruksi No. 16 tahun 1989 terkait Pembinaan Zakat, Infak, dan Sedekah.
Di tahun 1990, pengelolaan zakat semakin berkembang dalam manajemennya dan saat itulah banyak bermunculan lembaga-lembaga amil zakat. Tidak hanya tersalurkan untuk pembangunan madrasah, masjid, serta pesantren. Bahkan kini hingga pemberdayaan ekonomi hingga beasiswa. BAZNAS yang berpusat di Jakarta juga membuat beberapa program pendidikan seperti LBB atau Lembaga Beasiswa BAZNAS serta SCB atau Sekolah Cendekia BAZNAS. SCB merupakan sekolah yang didirikan atas hasil pendapatan BAZNAS yang diperuntukkan bagi kaum dhuafa bahkan bebas biaya dan berasrama. Sekolah tersebut memiliki 2 cabang yakni SMP Cendekia BAZNAS dan Sekolah Tahfidz Baznas.
Tak hanya BAZNAS pusat yang menyalurkan dana zakat untuk mensejahterakan pendidikan kaum dhuafa di Indonesia, bahkan kebanyakan dari BAZNAS cabang yang tersebar di Indonesia melakukan hal yang sama, hal tersebut perlahan telah membantu mewujudkan anak-anak kurang mampu di Indonesia untuk mengenyam pendidikan bahakan hingga perguruan tinggi seperti Beasiswa Minhati yang dicetuskan oleh LAZISWAF (Lembaga Amil Zakat, Infak, Shadaqah dan Wakaf) Universitas Darussalam Gontor.