Sehubungan dengan sinkronisasi data NPWP dan NIK, dan kemunculan NPWP 16 digit karena menyesuaikan dengan NIK yang 16 digit. Seiring dengan berjalannya waktu dan terjadinya beberapa update, akhirnya Dirjen Pajak membuat publikasi tentang update e-Faktur Versi 4.0 yang mana nantinya para PKP bisa menerbitkan faktur pajak dengan NPWP 16 digit.
15 Agustus 2024, Ditjen pajak mengumumkan tentang aktivitas update daftar layanan yang akan dilaksanakan pada hari sabtu, 20 Juli 2024 jam 09.00 - 19.00 WIB. Setelah aktivitas update daftar layanan selesai, maka PKP bisa menjalankan e-Faktur versi 4.0 dan menerbitkan faktur pajak dengan NPWP 16 digit.
Permasalahan yang sering timbul ketika terjadi update layanan adalah data corrupt atau data mengalami kerusakan saat terjadi update data. Data corrupt bisa terjadi karena masalah jaringan internet yang kurag kuat, atau masalah server pajak yang overload karena banyaknya PKP yang melakukan proses update di waktu yang bersamaan.
Untuk memitigasi masalah data corrupt tersebut, ditjen pajak mengimbau kepada seluruh PKP supaya melakukan Back up data e-Faktur, langkah - langkah back up data yang perlu dilakukan cukup mudah, bisa dilakukan secara mandiri oleh PKP atau Wajib Pajak masing - masing. Wajib Pajak cukup menyalin folder "db" yang berada di dalam folder e-Faktur dan menyimpannya di tempat lain, baik di dalam satu pc dengan folder yang berbeda, atau di simpan di dalam disk lain.
