Menurut cerita, pulau mungil di muara sungai Riau ini sudah lama dikenal oleh para pelaut sejak berabad-abad yang lalu karena menjadi tempat persinggahan untuk mengambil air tawar yang cukup banyak tersedia di pulau ini, menurut legenda lebih lanjut nama "penyengat" diberikan pada pulau itu. Karena pernah para pelaut yang sedang mengambil air tawar di pulau tersebut diserang oleh semacam lebah yang dipanggil "penyengat" hingga membawa korban. Sejak peristiwa itu pulau ini terkenal dikalangan pelaut dan nelayan dengan panggilan "pulau penyengat", kemudian takala pusat pemerintahan kerajaan Riau bertempat di pulau itu diberi nama "Pulau Penyengat Indera Sakti"
13419732731691114178
Pada 1903 pulau penyengat telah dibina dari sebuah pusat pertahanan menjadi Negeri dan kemudian berkedudukan Yang Dipertuan Muda Kerajaan Riau Lingga, sementara Sultan bekediaman resmi di Daik Lingga. Pada Tahun 1900 Sultan Riau Lingga ke pulau penyengat, sejak itu lengkaplah peranan Pulau Penyengat sebagai pusat pemerintahan, adat istiadat, agama Islam dan kebudayaan Melayu Seperti yang tertulis pada papan " Riwayat Pulau Penyengat"