Selain banyak yang mempertanyakan legitimasi tingkat keilmuan keustadan banyak kontroversi lain yang dimunculkan Ustad Tengku Zulkarnen atau ada yang menyebutnya Ayah Naen.
Dari Melegalkan pemaksaan hubungan seksual suami terhadap istri, Mau bantu pemerintah kalau Presiden Jokowi meninggal (suara.com), kontroversi ijasah dan dosen palsunya (pantausatu.id) dan masih banyak kontroversi lainnya.
Belum lama selain beredar video sara penghinaan ke suku Jawa, beredar juga video Tukang Mebel yang presiden mengijinkan anaknya yang Tukang Martabak mencalonkan jadi Walikota Solo. Disampaikan oleh Ayah Naen, cara ini adalah cara komunis dan membandingkannya dengan Kim Jong Un. Juga dipertanyakan asal-usul pendidikannya.
Masalah ijasah dan dosen palsu, sampai sekarang tidak ada klarifikasi resmi dari Ayah Naen, Majelis Ulama Indonesia maupun Universitas Sumatera Utara. Agar bisa membandingkan, berikut profil pendidikan dari Kim dan Gibran
1993-1998, Gmligen International School, Bern, Swiss
1998-2000, Liebefeld Steinhlzli, Kniz, Swiss
2002-2007, Universitas Kim Il-sung
Selanjutnya mewarisi kekuasaan ayahnya alm Kim Jong Il
GIBRAN RAKANBING BUMI (wikipedia dan tribunnews)
2005- : SMP, Orchid Park Secondary School Singapura,