Mikrobiologi berperan penting dalam pengelolaan limbah kelapa sawit, karena mikroorganisme terlibat dala proses degradasi limbah kelapa sawit. Bakteri Actonomycetes diketahu dapat mempercepat proses degradasi limbah kelapa sawit, menjadikannya pilihan pengolahan biologis yang efektif. Bakteri lipolitik juga telah teridentifikasi pada instalasi pengelolaan air limbah industri kelapa sawit, yang dapat mengurai lipid yang ada pada limbah. Selain itu, bakteri selulolitik berperan penting dalam mendegradasi Tandan Kosong Kelapa Sawit (TKS) karena kemampuannya memproduksi selulase, enzim yang berperan penting dalam proses biokonversi. Dengan demikian, memahami mikroorganisme yang terlibat dalam degradasi limbah kelapa sawit sangat penting untuk pengelolaan limbah yang efektif.
Proses mikroba sangat penting untuk pengolahan limbah minyak kelapa sawit. Penggunaan mikroba untuk biodegradasi telah diadopsi secara luas dalam industri kelapa sawit, karena merupakan pilhan yang hemat biaya dan ramah lingkungan. Bakteri mesofilik terbukti efektif dalam proses biodegradasi limbah cair kelapa sawit. Effective Mikroorganism (EM) juga telah digunakan dalam pengolahan limbah cair pabrik kelapa sawit yang sering disebut juga dengan POME (Palm Oil Mill Effluent), sehingga terjadi penurunan total padatan tersuspensi TSS ( Total Suspended Solid). Selain itu, penggunaan mikroba untuk biokonversi terbukti efektif dalam memecah senyawa yang terikat di dalam tanah, menjadikannya pilihan yang efektif untuk produksi minyak sawit berkelanjutan. Oleh karena itu, proses mikroba sangat penting untuk pengolahan dan pengelolaan limbah minyak sawit yang efektif.
Pentingnya mikrobiologi dalam produksi minyak sawit berkelanjutan tidak bisa dilebih-lebihkan. Mikroorganisme telah ditemukan efektif dalam produksi pupuk hayati dari limbah pabrik kelapa sawit dan limbah pabrik kelapa, memberikan solusi berkelanjutan untuk kesuburan tanah. Selain itu, penerapan limbah pengelolaan kelapa sawit (PKS), produk sampingan dari produksi minyak sawit, diketahui dapat meningkatkan jumlah mikroorganime di dalam tanah, sehingga berkontribusi pada produksi minyak sawit berkelanjutan. Dengan demikian, penggunaan mikrobiologi dalam produksi minyak kelapa sawit berkelanjutan tidak hanya memfasilitasi pengelolaan limbah yang efektif tetapi juga berkontribusi terhadap keberlanjutan industri secra keseluruhan, menjadikannya aspek penting dalam produksi minyak kelapa sawit.