Hingga kini tuberkulosis masih menjadi masalah kesehatan terpenting di seluruh dunia. Abad 21 ini nampaknya kita menghadapi sedikitnya 6 tantangan sehingga TB masih akan amat sulit dikendalikan.
Tantangan pertama adalah berbagai masalah dalam penemuan penderita tuberkulosis. Walaupun misalnya sekitar 90% pasien dapat menyelesaikan pengobatan, tetapi kalau hanya separuh jumlah kasus yang terdeteksi maka penyembuhan itu tidak punya dampak berarti dalam penurunan morbiditas secara keseluruhan.
Selain itu pemeriksaan dahak yang tidak terkonsentrasikan ternyata hanya mampu menjaring separuh penderita TB aktif.
Tantangan kedua adalah ketidakmampuan petugas kesehatan untuk menjamin semua pasien dapat menyelesaikan pengobatannya.
Tantangan ketiga yaitu tidak tersediannya vaksin yang ampuh yang disebut sebagai the most destrctive weakness of TB control strategy.
Tantangan keempat adalah timbul dan meningkatnya kuman yang resisten terhadap obat tuberkulosis, khususnya resistensi ganda. Hal ini seharusnya dicegah dengan pengobatan yang baik dengan DOTS dan DOTS plus serta pemberian obat dalam bentuk FDC.
Tantangan kelima adalah belum tersedianya obat pencegahan yang memadai.
Tantangan keenam khususnya untuk negara maju adalah terjadinya infeksi nosokomial.
Hal ini diatasi dengan pendekatan administratif, ventilasi serta proteksi personal.
Permasalahan Multidrug-Resistant Tuberculosis TB (MDR-TB) hingga saat ini masih tercatat pada level tertinggi. Fakta tersebut mengacu pada laporan terbaru badan kesehatan sedunia (WHO) yang menampilkan temuan tersebut berdasarkan survey mengenai resistensi terhadap obat TB.
Bakteri penyebab TB menjadi resisten ketika penderita TB tidak mendapat atau tidak menjalani pengobatan lengkap. Tuberkulosis diobati dengan 5 atau 6 obat utama yang disebut lini pertama misalnya: ripampisin, INH, Pirazinamid, dll. Kalau tidak mempan dengan obat lini pertama maka ada obat lini kedua (second line) misalnya: kuinolon, sikloserin, kanamisin, dll.