Tema cerita yang diangkat dalam novel Perahu Kertas karya Dee Lestari yang sangat mendominasi adalah persahabatan. Selain tema persahabatan terdapat juga kisah percintaan yang terjadi anta Keenan dan Kugy yang terlihat berat, penuh rintangan, dan juga percobaan yang membubuhi kisah persahabatan antara keempat sahabat karib Keenan, Eko, Kugy,dan Noni yang dikemas menjadi satu kisah yang sangat menarik. Persahabatan menjadi tema yang mendominasi novel Perahu Kertas dapat dibuktikan dalam cuplikan novel di bawah ini.
Fiat kuning itu berdesakan dengan mobil-mobil lain yang menyusuri Jalan Dago paa malam Minggu. Kugy dan Keenan di bangku belakang. Eko mengemudi, di sampingnya ada Noni yang tengah bertelepon dengan seseorang.
Noni mematikan ponselnya dengan lega. "Guys, Mas Itok berhasil dapat empat tiket, barian agak depan, sih. Tapi lumayan daripada lu manyun."
Sebagai geng midnight yang professional, kita memang harus punya koneksi kayak Mas Itok. Hidup Mas Itok!" seru Eko.(Halaman 49 baris ke-1)
Dari cuplikan novel di atas dapat dijumpai kata 'geng' yang merupakan kata yang sering digunakan para remaja untuk menyebut persahabatan. Kata tersebut menunjukkan bahwa Keenan, Kugy, Eko dan Noni adalah teman baik yang selalu bersama-sama menikmati malam Minggu. Geng midnight adalah sebutan dari persahabatan mereka.
Setiap kali malam Minggu mereka memiliki acara menonton di bioskop sampai larut malam bersama-sama. Seorang teman baik akan selalu membantu temannya yang kesusahan.Selain itu, novel Perahu Kertas juga menceritakan kehidupan remaja di bangku perkuliahan yang khas dengan kehidupan kost. Pertemuan Keenan dan Kugy yang pada akhirnya berujung pada saling jatuh cinta, tetapi diantara keduanya tidak saling mengungkapkan satu sama lain dan hanya memendamnya.
Di bawah ini merupakan kutipan dialog antara Keenan dan Kugy yang menunjukkan bahwa mereka adalah seorang mahasiswa.
"Kalau makan siang di kampus-masih berminat?" tanya Kugy.
"Tergantung siapa yang nagjak."
Kugi menggelengkan kepala, "Jawaban yang salah.Harusnya: tergantung siapa yang bayar."
"Jadi, saya bakal ditraktir, nih?"