Sejak munculnya paradigma pengawas yang baru dalam kurikulum merdeka, menekankan basis kepengawasan berupa kegiatan pendampingan kepada kepala sekolah, sebagiamana tercantum dalam Peraturan Direktur Jenderal GTK Nomor 4831 Tahun 2023 tentang Peran Pengawas Sekolah dalam Implementasi Kebijakan Merdeka Belajar pada Satuan Pendidikan, terdapat pihak yang memanfaatkan situasi, dengan mengumbar diksi bahwa pengawas PAI akan segera bubar.
Kegaduhan kabar tersebut tak ayal menghadirkan kegelisahan bagi pengawas PAI, dan kegelisahan itu terasa semakin sempurna saat berhembus rumor bahwa posisi pengawas PAI sudah tidak ada lagi pasca berlakunya regulasi Permenpan RB Nomor 1 Tahun 2023 tentang Jabatan Fungsional.
Sekilas, kegundaan hati para pengawas PAI dapat dimaklumi. Pasalnya, Permenpan RB Nomor 1 Tahun 2023 tentang Jabatan Fungsional, telah menganulir 293 regulasi yang mengatur tentang Jabatan Fungsional, dan mengamanatkan 305 regulasi tentang Jabatan Fungsional, wajib disesuaikan paling lambat lima (5) tahun terhitung sejak Permenpan RB ini di undangkan, yaitu pada tanggal 12 Januari 2023, walaupun baru mulai berlaku pada tanggal 1 Juli 2023 sebagaimana tercantum dalam pasal 63.
Adapun regulasi Jabatan Fungsional yang berkaitan dengan pegawai kementerian agama dan harus disesuaikan adalah Permenpan RB Nomor 9 Tahun 2019 tentang Jabatan Fungsional Penghulu; Permenpan RB Nomor 19 Tahun 2019 tentang Jabatan Fungsional Pentashih Mushaf Al-Qur'an; dan Permenpan RB Nomor 9 Tahun 2021 tentang Jabatan Fungsional Penyuluh Agama.
Biarpun Permenpan RB Nomor 1 Tahun 2023 telah menganulir ratusan regulasi Jabatan Fungsional, namun regulasi tersebut tidak secara otomatis menghapus semuanya, dan belum bisa dijadikan alasan untuk menyatakan bahwa pengawas PAI sudah tidak ada lagi pasca berlakunya regulasi ini.
Karena bila mencermati secara seksama, seharusnya kegundahan pengawas PAI tidak perlu terjadi, sebab pada pasal 61 Permenpan RB Nomor 1 Tahun 2023 yang menyebutkan bahwa "Pada saat Peraturan Menteri ini mulai berlaku, semua peraturan perundang-undangan yang merupakan pelaksanaan dari Peraturan Menteri yang mengatur mengenai JF masing-masing dinyatakan masih tetap berlaku sepanjang tidak bertentangan dan belum diubah berdasarkan Peraturan Menteri ini", dan memang dalam Permenpan RB ini tidak ada satupun pasal yang menghapus Peraturan Menteri Agama yang mengatur tentang Pengawas Pendidikan Agama.
Antara Permenpan RB dan Peraturan Menteri Agama, masing-masing mempunyai kedudukan yang setara.Kelahirannyapun sama-sama merupakan turunan dari Peraturan Pemerintah. Permenpan RB Nomor 1 Tahun 2023 merupakan turunan dari PP Nomor 11 Tahun 2017 tentang Manajemen Pegawai Negeri Sipil sebagaimana telah diubah dengan PP Nomor 17 Tahun 2020 pasal 72 ayat2, pasal 73 ayat3, pasal 86 ayat 2, pasal 97, pasal 99 ayat 7 dan pasal 101 ayat 7 yang kesemuanya mengatur tentang Jabatan Fungsional.
Sedangkan Pendidikan Agama merupakan implementasi dari PP Nomor 55 Tahun 2007 tentang Pendidikan Agama dan Keagamaan pasal 3 ayat 1 "Setiap satuan pendidikan pada semua jalur, jenjang, dan jenis pendidikan wajib menyelenggarakan pendidikan agama", pasal 4 ayat 2 " Setiap peserta didik pada satuan pendidikan di semua jalur, jenjang, dan jenis pendidikan berhak mendapat pendidikan agama sesuai agama yang dianutnya dan diajar oleh pendidik yang seagama", pasal 5 ayat 1, 8 dan ayat 9, serta pasal 9 ayat 1 dan 2, yang dalam penyelenggaraanya memerlukan penjamin mutu, yaitu Pengawas Pendidikan Agama Islam.
Keberadaan Pengawas Pendidikan Agama, selain disebut dalam Lampiran Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 143 tentang Petunjuk Teknis Pelaksanaan Jabatan Fungsional Pengawas Sekolah dan Angka Kriditnta BAB II B ayat 1 poin f (tidak termasuk regulasi yang dianulir oleh Permenpan RB Nomor 1 Tahun 2023), juga merupakan Lex Specialis (Aturan yang bersifat khusus mengesampingkan aturan yang bersifat umum) dari keberadaan Pengawas Sekolah/Madrasah
Oleh karena itu, keberadaan Pengawas PAI, tidak bisa digantikan, baik oleh Pengawas Sekolah, Pengawas Madrasah, maupun Kepala Sekolah, karena disamping perbedaan fungsi, juga dikarenakan; bila Pengawas sekolah atau Kepala Sekolah beragama selain islam, maka dia tidak mungkin melakukan penjaminan mutu terhadap pendidikan agama islam, demikian juga sebaliknya, ditambah lagi agama merupakan hak yang paling asasi dan sangat sensitif sehinggga memerlukan kehati-hatian.