Suatu Waktu, pada durasi masa lalu, Pelabuhan Sunda Kelapa (salah satu Pelabuhan Tertua di Dunia), sudah tak bisa memadai untuk lalu lintas perdagangan, barang, dan orang masuk Batavia. Jika diperluas, maka harus menggusur ratusan gudang, perumahan rakyat dan buruh di sekitarnya.
Maka Gubernur Jenderal Hindia Belanda, Johan Wilhelm Van Lansberge, memutuskan untuk menambah Pelabuhan Baru di Batavia. Pilihannya pada area rawa dan hutan, yang lumayan jauh dari Sunda Kelapa.
Tahun 1877 dimulai pembangunan Pelabuhan Tg Priuk, dirancang oleh Ir C.W.Koch Hoofdingernie; selesai 1886. Pada waktu itu, Pelabuhan Tanjung Priok merupakan pelabuhan laut modern pertama di Pulau Jawa; sekaligus pintu awal perdagangan pada di Hindia Belanda abad ke-19.
Adanya Pelabuhan Tg Priok, kepadatan Sunda Kelapa teratasi; namun muncul masalah baru. Angkutan barang dari Tg Priok menuju pergudangan sekitar Sunda Kelapa dan Beos (sekarang disebut Kota Tua) melalui jalan raya di antara hutan dan rawa. Akibatnya, barang-barang tersebut hilang karena dirampok; para kurir dan pengawal mati terbunuh.
Solusinya?
Pada awlnya Stasiun Tanjung Priok dibangun tahun 1885, di Dermaga Pelabuhan Tg Priok. Namun, pada Perkembangannya, mengggangu kegiatan bongkar-muata.
Kemudian, Tahun 1900, Pemerintah Hindia Belanda mulai melakukan perencanaan. Tahun 1910 mulai membangun Stasiun Kereta Tg Priok, mirip Centraal Station Amsterdam, yang bersisian dengan Pelabuhan. Peresmian pada 6 April 1925.
Stasiun Tanjung Priok memiliki atap melengkung yang mirip dengan Stasiun Central Amsterdam di Belanda. Memiliki ruang tunggu yang dibedakan untuk penumpang Belanda, pribumi, dan kaum ningrat. Eits, pada Stasiun Tanjung Priok ada tiga bunker bawah tanah yang digunakan untuk menyimpan barang (sekarang ditutup oleh KAI).
Tahun 1993, Stasiun Tanjung Priok ditetapkan sebagai cagar budaya oleh Gubernur DKI Jakarta melalui Keputusan Gubernur DKI no.475 Tahun 1993.
Tahun 2005 Stasiun Tanjung Priok ditetapkan sebagai benda cagar budaya berdasarkan SK Menbudpar No.PM.13/PW.007/MKP/05 tanggal 25 April 2005.