Elisa Esposito (Sally Hawkins) adalah seorang petugas kebersihan di sebuah fasilitas penelitian rahasia. Bersama Zelda (Octavia Spencer), biasanya ia bekerja mulai tengah malam dan pulang saat matahari terbit.
Rutinitas ini berlangsung lama dan mendadak berubah saat satu malam, ia dan Zelda diminta untuk membersihkan ruang penelitian yang tidak sembarangan orang masuk.
Betapa kagetnya Elisa saat mendapati ruangan itu penuh darah. Rupanya itu darah Richard (Michael Shannon), salah satu petinggi yang dua jarinya putus karena digigit sesosok makhluk yang tengah mereka teliti.
Makluk itu bentuknya menyerupai manusia (bahkan tampak sekali jenis kelaminnya jantan). Hanya saja, makluk yang ditangkap dari Sungai Amazon ini badannya diselimuti sisik. Ya, mirip manusia ikan walaupun di tempat asalnya, makluk ini dianggap dewa.
Mulanya Elisa juga takut dengan keberadaan makluk ini. Namun, entah kenapa muncul ketertarikan darinya untuk mengenal dan berinteraksi lebih lanjut. Jadilah, dengan mengendap-endap, Elisa akan masuk ke ruangan itu untuk memberi telur rebus dan menyetel lagu dari alat musik yang ia bawa.
Makluk itu tidak bisa berbicara. Sebagaimana Elisa yang bisu namun tidak tuli. Mungkin, karena adanya kesamaan itu, Elisa merasa nyaman untuk terus berada di dekat makluk ini.
Tentu interaksi ini bukan tanpa risiko. Bagaimana pun, itu adalah makluk buas yang dari gigitannya mampu memotong jari manusia. Namun, Elisa tak pernah takut.