Bersamaan dengan trend peningkatan angka kelahiran caesar, terdapat wabah penyakit autoimun dan penyakit alergis. Beberapa teori muncul mengusulkan bahwa pengaruh lingkungan memberi kontribusi pada fenomena ini. satu teori paling banyak disinggung adalah hipotesis higenisitas. Kelahiran caesar yang tidak langsung disusui ibunya dan diperlakukan over steril (hipotesis higenisitas) berhubungan dengan timbulnya masalah penyakit autoimun dan penyakit alergis.
Berbeda dengan kelahiran normal yang perkembangan sistem imun, kolonisasi e coli di dalam perut diperbantukan oleh akuisisi selama proses kehamilan melalui saluran vagina, ibu melahirkan caesar tidak demikian. Bakteri yang terpapar pertama kali berasal dari lingkungan, tangan medis, atau patogen di rumah sakit. Bayi yang masih prematur dan perlakuan steril pada bayi yang mau tidak mau harus dilakukan pada kelahiran caesar.
Sebuah jurnal tentang pengaruh epigenetik terhadap kelahiran bayi menyatakan bahwa terdapat hubungan antara kelahiran caesar terhadap implikasi kesehatan jangka lama terhadap anak seperti diabetes tipe 1, gastroentritis, asma, alergi dan penyakit lainnya.
Dalam kasus kelahiran caesar menyatakan bahwa ketiadaan/kekurangan bayi terekspos fauna mikrobia saluran vagina memungkinkan terjadinya respon imun bayi yang berbeda dibanding kelahiran normal. Dalam jurnal Asosiasi kedokteran kanada menggunakan metode sekuensing DNA diketahui bahwa bayi dibandingkan kelahiran caesar, kelahiran normal mempunyai jumlah bakteri yang sedikit pada tubuhnya.
Bisa dikatakan kelahiran normal yang di challenge dengan berbagai patogen fauna mikrob vagina dan faecal membuat ketahanan tubuh bayi lahir normal lebih hebat dibandingkan lahir caesar. Tentunya dengan bantuan ASI ibu. Seperti yang diketahui ASI Ibu banyak mengandung berbagai zat esensial bagi bayi baru lahir. Pada bagian imunitas ASI mengandung kolostrum. Kolostrum tidak hanya memenuhi kebutuhan gizi bayi yang baru lahir, tetapi juga melindungi bayi karena bersifat mengaktivasi sistem imun. Pada kolustrum terdapat besar jumlah antibodi IgA. Sekretori IgA bersama dengan immunoglobulin M dapat melindungi bayi dari GI autoantigen yang dapat menyebabkan penyakit autoimun.
Kelahiran normal penuh dengan rasa sakit, ,dipenuhi juga dengan banjir hormon oksitosin. Hormon kasih sayang yang dicurahkan melalui ASI ibu yang penuh manfaat dan cinta terhadap anaknya .
