Tanggal 20 Juni sampai 5 Juli 1966 berlangsung Sidang Umum IV MPRS. Dalam sidang itu, tokoh yang lolos dari pembunuhan kudeta Gerakan 30 September (G30S), Jenderal AH Nasution, terpilih menjadi Ketua MPRS menggantikan Wiluyo Puspoyudo.
Dalam sidang itu dikeluarkan Keputusan MPRS no. 5 tahun 1966 yaitu meminta Presiden Soekarno melengkapi pertanggungjawabannya yang diberi judul Nawaksara.
Selain itu, dikeluarkan beberapa ketetapan mulai dari Surat Perintah 11 Maret 1966 dikukuhkan menjadi Ketetapan MPRS no IX tahun 1966.
Keppres no 1/3 tahun 1966 tentang pembubaran PKI menjadi Ketetapan MPRS no XXV tahun 1966.
Ketetapan MPRS no XIII tahun 1966 tentang pembentukan Kabinet Ampera dan Jenderal Soeharto sebagai Ketua Presedium Kabinet.
Ketetapan MPRS no XV tahun 1966 menetapkan jika Presiden berhalangan maka Pengemban Supersemar sebagai Pejabat Presiden.
Dengan ketetapan-ketetapan MPRS tersebut, posisi politik Jenderal Soeharto menjadi sangat kuat.
Dalam posisi politik seperti itu ia didesak untuk mengakhiri dualisme pimpinan nasioanal yakni Presiden Soekarno dan Jenderal Soeharto.
Desakan itu ditolak. Dalam otobiografi Soeharto ditulis; "Jika memaksa saya menjadi Presiden, silahkan cari orang lain saja."
Di tengah kondisi politik dan ekonomi yang terpuruk ditambah dualisme pimpinan nasional saat itu, pada Maret 1967 MPRS mengadakan Sidang Istemewa.
Dalam sidang itu, fraksi-fraksi di MPRS sebagai representasi Partai Politik, ditambah Utusan Golongan dan Utusan Daerah, mendesak agar Jenderal Soeharto ditetapkan menjadi presiden menggantikan Presiden Soekarno.